粗粒化模拟- Coarse-grained simulation 在各种模拟技术中使用粗粒化(Coarse-grained, CG)模拟进行研究,是一种有效的手段,CG可以增大体系的时间和长度尺度,这是传统的全原子(All-Atom, AA)模型所无法实现的…
在各种模拟技术中使用粗粒化(Coarse-grained, CG)模拟进行研究,是一种有效的手段,CG可以增大体系的时间和长度尺度,这是传统的全原子(All-Atom, AA)模型所无法实现的。粗粒化模型的总体目标是提供一个简单的模型,计算速度快、易于使用,但足够灵活可适用于大范围的生物分子系统。 在粗粒化模拟的力场广泛使用的是M...
马提尼粗粒度力场（Martini Coarse-Grained Force Field）是生物分子系统分子动力学模拟中广泛应用的一种简化模型。它通过粗粒化技术，实现了对大尺度生物分子系统的研究，相比于全原子模型，其计算速度更快，操作更便捷。Martini力场的官网cgmartini.nl/index.php提供了详细教程，适用于脂质、胆固醇、氨基酸...
在众多粗粒化力场中，Martini力场被广泛应用在生物分子系统的分子动力学模拟中。该力场以荷兰格罗宁根市的昵称命名，该城市也孕育了Martini力场的发展。Martini力场为多种生物分子提供了参数，包括脂质、胆固醇、氨基酸、糖、DNA、富勒烯、胶原蛋白和树突状分子等。“Martini”这一名称源于2007年发布的力场2.0...
(2013) The Martini Coarse-Grained Force Field. in Biomolecular Simulations: Methods and Protocols (Monticelli, L., and Salonen, E. eds.), Humana Press, Totowa, NJ. pp 533-565Periole, X., and Marrink, S. J. (2013) The Martini coarse-grained force field. Methods Mol. Biol. 924, ...
Michalowsky, J., Schäfer, L. V., Holm, C. & Smiatek, J. A refined polarizable water model for the coarse-grained MARTINI force field with long-range electrostatic interactions. J. Chem. Phys. 146, 054501 (2017). Thole, B. T. & van Duijnen, P. T. A general population analysis...
The coarse-grained Martini force field is widely used in biomolecular simulations. Here we present the refined model, Martini 3 ( http://cgmartini.nl ), with an improved interaction balance, new bead types and expanded ability to include specific interac
a coarse grained parallel algorithm for closest larger:一种最接近大的粗粒度并行算法 热度: Muller Martini(马天尼)锁线机 热度: MMFF_Merck Molecular Force Field MMFF分子力场介绍 热度: 7812 J.Phys.Chem.B 2007( 111) 7812-7824 The MARTINI Force Field: Coarse Grained Model for Biomolecular Simulatio...
The MARTINI Force Field Coarse Grained Model for 马蒂尼力场的粗粒度模型 热度: 马天尼.ppt 热度: -1- Martini 马天尼酒被称为“鸡尾酒中最佳杰作”-鸡尾酒之王。有人说:“鸡尾酒自马天尼酒开始,又以马天尼酒 告终。”马天尼酒的原型是杜松子酒加某种酒,最早以甜味为主,选用甜苦艾酒为副材料。随着时代变迁,...
H. Toward optimized potential functions for protein-protein interactions in aqueous solutions: osmotic second virial coefficient calculations using the MARTINI coarse-grained force field. J. Chem. Theory Comput. 9, 10.1021/ct400008p (2013). Javanainen, M., Martinez-Seara, H. & Vattulainen, I....