MGS的鉴定 针对174964个差异表达的gene,聚类成153个MGS。并且对这些MGS进行差异分析。 构建从co-occurrence network来调查菌群的互作关系。 鉴定gene marker 使用mRMR的方法来鉴定出25个gene作为marker,同时构建SVM的分类器,AUC的值能达到0.896。 在验证人群中进行验证,AUC能到0.92,敏感度为0.95,特异性为0.75。 04 ...
这种思路定义的cluster marker gene标准是比较宽松的。因为只有一个基因在任意一次cluster间比较p值显著,就会认为是marker gene 2.2 all difference(stringent) 零假设:对于基因A,cluster X与其余任一cluster的表达均值均相同 换句话说:cluster X的基因A的表达水平与其余所有cluster的t检验结果均显著,才能认为是该cluster...
auc: 评估分类性能的一个指标,表示基因表达水平在区分两个群体中的有效性。 pval: P值,表示观察到的统计量在零假设(通常是两个群体表达没有差异)为真的情况下出现的概率。较小的P值通常表示统计显著性。 padj: 校正后的P值,对原始P值进行多重检验校正后的值,如Bonferroni校正,用于减少假阳性率。 pct_in: ...
标记基因(marker gene)的概念与差异表达(DE)基因的概念密切相关,但两个概念并不是不同义词。严格来说,标记基因选择是DE基因鉴定的一个子集,有效且有用的标记基因具有并非所有DE基因所共有的特定特征。广义上,我们将标记基因定义为可用于区分细胞亚群的基因。 文献标题及背景 A comparison of marker gene selection ...
慧算基因通过挖掘自有十万级肿瘤样本数据库信息发现BF marker甲基化是实体瘤高度特异性生物标志物(AUC为0.991)。 通过大样本的数据挖掘,发现各实体瘤患者血液样本中BF marker甲基化比例与NGS MRD Panel检测的突变比例及ctDNA含量呈现高度相关性。泛癌肿相关性0.82, 细分癌肿中, 肺癌相关性0.88, 肠癌相关性0.97. ...
此外,通过将相关的峰区域传递给plotBrowserTrack()函数中的特性参数,我们可以看到这些峰区域在browser tracks上的覆盖。这将增加一个额外的BED形式的marker峰在ArchR轨迹图的底部。这里我们通过geneSymbol参数绘制GATA1基因: >p<-plotBrowserTrack(ArchRProj=projHeme5,groupBy="Clusters2",geneSymbol=c("GATA1"),featu...
曲线分析结果显示lncRNA IFNG -AS1㊁lncRNA AF131217.1和lncRNA CoroMarker 的AUC 分别为0.360(95%CI:0.180~0.540,P =0.13)㊁0.445(95%CI:0.259~0.631,P =0.55)㊁0.960(95%CI:0.908~1.000,P =0.00)㊂在相关性分析中,lncRNA CoroMarker 与IL -6㊁TNF -α呈线性正相关,r 值...
2.4.3基因本体(gene ontology,GO)功能富集分析和京都基因和基因组百科全书(Kyoto encyclopedia of genes and genomes,KEGG)通路富集分析将筛选得到的25个关键靶点导入DAVID数据库(https://david.ncifcrf.gov/)进行GO功能富集分析和KEGG功能富集...
FDR:p.value的FDR值 summary.logFC:即最显著的那次cluster两两比较的logFoldChange logFC.X:该基因分别与其它所有cluster的logFC结果 这种思路定义的cluster marker gene标准是比较宽松的。因为只有一个基因在任意一次cluster间比较p值显著,就会认为是marker gene ...