1. Mapped reads 现在我们有了 BAM 文件的索引,我们可以使用 idxstatsBam() 函数检索和绘制映射读取的数量。 代码语言:text 复制 mappedReads <- idxstatsBam("SR_Myc_Mel_rep1.bam") TotalMapped <- sum(mappedReads[, "mapped"]) ggplot(mappedReads, aes(x = seqnames, y = mapped)) + geom_bar(st...
ChIP-seq 分析:Mapped 数据可视化(4) 1. Mapped reads 现在我们有了 BAM 文件的索引,我们可以使用 idxstatsBam() 函数检索和绘制映射读取的数量。 mappedReads <- idxstatsBam("SR_Myc_Mel_rep1.bam") TotalMapped <- sum(mappedReads[, "mapped"]) ggplot(mappedReads, aes(x = seqnames, y = mapped)...
ChIP-seq 分析:Mapped 数据可视化(4) 1. Mapped reads 现在我们有了 BAM 文件的索引,我们可以使用 idxstatsBam() 函数检索和绘制映射读取的数量。 mappedReads <- idxstatsBam("SR_Myc_Mel_rep1.bam") TotalMapped <- sum(mappedReads[, "mapped"]) ggplot(mappedReads, aes(x = seqnames, y = mapped)...
查看mapped reads的深度,在全基因组范围是否保持相当。如果有极端高/低的深度,则怀疑组装错误,或者映射了错误的reads,反映了错误或者特定特征的mapped reads。 重复序列 如果基因组上存在重复序列,组装时只得到其中一个拷贝,则在这个拷贝处的mapped reads深度会是附近序列的两倍(三个拷贝就三倍)。 重复序列一般只分析...
1. Mapped reads 现在我们有了 BAM 文件的索引,我们可以使用 idxstatsBam() 函数检索和绘制映射读取的数量。 mappedReads<-idxstatsBam("SR_Myc_Mel_rep1.bam")TotalMapped<-sum(mappedReads[,"mapped"])ggplot(mappedReads,aes(x=seqnames,y=mapped))+geom_bar(stat="identity")+coord_flip() ...
1. Mapped reads 现在我们有了 BAM 文件的索引,我们可以使用 idxstatsBam() 函数检索和绘制映射读取的数量。 mappedReads<-idxstatsBam("SR_Myc_Mel_rep1.bam")TotalMapped<-sum(mappedReads[,"mapped"])ggplot(mappedReads,aes(x=seqnames,y=mapped))+geom_bar(stat="identity")+coord_flip() ...
unique mapping 这个概念是由可能最早的reads对比工具Eland提出的。当时,在Eland的比对结果中,它会报告一个如'[UR][0-2]NM’的标签(tag),来指示这个map结果是uniquely, repetitively还是unmapped。从那以后,我们就开始谈论’mapping uniqueness’了。对于Eland,mapping uniqness是一个清晰的概念。对Eland来说,其比对...
BWA比对及Samtools提取mapped reads 筛选出能比对到参考序列的reads,形成新的fastq文件 文件:全基因组二代测序双端fastq文件,参考序列fasta文件 目的:筛选出能比对到参考序列的reads,形成新的fastq文件 使用软件:BWA,Samtools 一、构建索引 bwa index ref.fasta...
unique mapped reads 就是指唯一比对的reads 现在人们已经开始避免使用unique mapped reads这个概念了,而转向使用mapq值来保留高质量的比对结果。因为mapq值反应了一组比对结果发生的可能性,MapQ = -10 log10(P), 比如结果为10,那就是1/10的概率会出现这个比对结果,如果我们认为0.05%是一个小概率的话,那个mapq值...
意思是：总结映射读取