Mantel Test是一种强大的非参数统计方法,能够有效分析复杂的多变量关系,为微生物多样性研究提供重要的数据支持。 Mantel Test作为一种灵活、高效的多变量分析工具,在丰富复杂生态系统认知、指导实践应用等方面都发挥着重要作用,值得微生物学研究人员广泛关注和应用。
Mantel test 使用的前提是两个矩阵,矩阵 A 和 B 要有相同的行数,例如,矩阵 A 有 n*120(列 * 行)数据,矩阵 B 有 m*120(列 * 行)数据,此时可以进行 Mantel test。Mantel test 假设两个矩阵之间不存在相关性,如果数据结果中发现 P 值显著,说明存在相关性。并且矩阵 A 和矩阵 B 中样本样本之间的距离具...
Mantel test 对两个矩阵相关关系的检验 Mantel test 是对两个矩阵相关关系的检验,由Nathan Mantel在1976年提出。之所以抛开相关系数发展这样一种方法,是因为相关系数只能处理两列数据之间的相关性,而在面对两个矩阵之间的相关性时就束手无策。Mantel检验专治这种不服。 这种方法多用于生态学上,不同的样本case对应不同...
)可以Mantel test 多用在生态学上,用来检验群落距离矩阵(如 Bray-Curtis distance matrix)和环境变量距离矩阵(如 pH, 温度 或者地理位置的差异矩阵)之间的相关性(Spearman 系数。Mantel test的相关性系数越大,p值越小,则说明环境因子对微生物群落的影响越大。同时,mantel test的偏分析(partial Mantel test等)可...
R语言MANOVA r语言mantel_test分析 Mantel test 是对两个矩阵相关关系的检验,由Nathan Mantel在1976年提出。之所以抛开相关系数发展这样一种方法,是因为相关系数只能处理两列数据之间的相关性,而在面对两个矩阵之间的相关性时就束手无策。Mantel检验专治这种不服。
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此前我们已经讲过了如何使用R语言计算两列数据相关性的分析方法,今天,我们来看一种检验两个矩阵相关关系的方法——Mantel test方法,这种分析方法可用在植物微生物群落与生态环境之间相关性的检验以及人体肠道微生物群落与人体疾病相关性检验等领域。话不多说,直接迈入正文!
# mantel test 介绍 # 1、基于距离矩阵检验多组之间的相关性 # 2、组内可包括多种变量,或微生物群落丰度 # 3、原假设为组间不存在相关性 # R语言操作 # 1、使用vegen包计算组间的相关性r和p值 setwd('D:/R~') #根据自己情况设置计算目录
由于论文问题,这里重做了mantel test,所以记录一下完整的重做过程。 首先是运行语言,这路选择R语言作为计算语言。 1 package library(vegan)library(geosphere)library(tidyverse)library(ggcor)#前三个包可以直接安装,ggcor安不上去的话考虑用devtools本地安装:#devtools::install_local("./ggcor-master.zip") ...