在一文掌握Conda软件安装:虚拟环境、软件通道、加速solving、跨服务器迁移中详细介绍的conda的基本使用和遇到问题的解决方式,也提到了mamba作为一个替代工具,可以很好的加速conda的solving environemnt过程。但有时也会遇到一个很尴尬的问题想用mamba就得先装mamba, 之前通过conda install ma
1.https://github.com/conda-forge/miniforge#mambaforge下载sh文件 2. bash Mambaforge-Linux-x86_64.sh 3.退出重进 4.添加通道,这里是清华,可以换成自己学校的或者就近站点 复制以下内容: show_channel_urls: true default_channels: -https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/main -https://mi...
首先,我们需要使用Conda安装Mamba:conda install -c conda-forge mamba。这将安装最新版本的Mamba。 使用Mamba代替Conda一旦安装了Mamba,我们就可以在任何需要使用Conda的地方使用Mamba。例如,要创建一个新的虚拟环境,可以使用:mamba create -n myenv python=3.8。要安装一个软件包,可以使用:mamba install numpy。三、...
Mamba是用C++重新实现的conda包管理器,支持多线程与并行下载,并且依赖解析速度大幅提升。在已有conda的情况下只需要一行命令安装 conda install mamba -n base -c conda-forge 1. 但是强烈建议从头安装(记得一定要把原来的conda从环境变量中去掉,请检查.bashrc或.bash_profile文件)。 下载安装程序 wget https:///co...
conda是个安装软件的神器,但镜像不稳定,下载安装软件的速度有时很慢。对于几十Mb甚至上百Mb的软件往往下不动,下了半天可能失败。 找了一个叫mamba的加速神器,可以用来并行下载和安装,大大加快速度,减少失败几率。 首先,mamba本身需要先通过conda来安装: conda insta
创建一个名叫fastq_env的环境,包括一个软件fastqc mamba create -n fastq_env -c bioconda fastqc 创建一个单细胞分析环境 示例创建一个Python单细胞分析环境; SC.yml文件如下 name 是环境名,prefix为环境目录路径,channels为镜像文件.condarc中设置的国内镜像名;dependencies包及其版本号 ...
2.4.16 使用conda-pack直接从已经安装好的地方拷贝一份 (同一操作系统) 2.4.17 直接上 mamba Conda安装配置生物信息软件 Conda是一种通用包管理系统,旨在构建和管理任何语言的任何类型的软件。通常与Anaconda (集成了更多软件包,https://www.anaconda.com/products/individual)和Miniconda (只包含基本功能软件包, http...
╚═╝╚═════╝ ╚═╝ ╚═╝ mamba(0.13.0)supported by@QuantStackGitHub:https://github.com/mamba-org/mambaTwitter:https://twitter.com/QuantStack█████████████████████████████████████████████████████████████...
2.4.17 直接上 mamba Conda安装配置生物信息软件 Conda是一种通用包管理系统,旨在构建和管理任何语言的任何类型的软件。通常与Anaconda (集成了更多软件包,https://www.anaconda.com/products/individual)和Miniconda (只包含基本功能软件包, https://conda.io/miniconda.html)一起分发。
1.用conda安装mamba conda install mamba-nbase-c conda-forge 2.用mamba安装需要的package(如安装funannotate),方法与conda一致 mamba create -n funannotate funannotate 额外的功能 1.mamba可以查看所安装的package需要依赖哪些库 如查看安装busco需要什么库 ...