跟前面的两款软件比起来,MAGMA 使用比较简单。 下面简要介绍基于 MAGMA 的 gene-based 关联分析研究。 1. 下载、安装 MAGMA wget https://ctg.cncr.nl/software/MAGMA/prog/magma_v1.09.zip unzip magma_v1.09.zip 2. 下载公共数据 # 下载基因位置文件NCBI37.3.gene.loc wget https://ctg.cncr.nl/software...
基因集分析可以更加直观的展示出基因的哪些功能和生物学特性是与特定表型相关的,而基因具有多种特性,这些特性在不同基因中通常是相关的,容易在基因集关联分析引入混淆,MAGMA在基因集分析中有了很大功能提升。 magma--gene-results[GENE_RESULTS].genes.raw--set-annot[SET_FILE]--out[OUTPUT_PREFIX]MAGMA/magma--g...
使用VEGAS2(Versatile Gene-based Association Study)进行gene based的研究 今日再介绍第三款软件:MAGMA 跟前面的两款软件比起来,MAGMA 使用比较简单。 下面简要介绍基于 MAGMA 的 gene-based 关联分析研究。 1. 下载、安装 MAGMA wget https://ctg.cncr.nl/software/MAGMA/prog/magma_v1.09.zip unzip magma_v1....
跟前面的两款软件比起来,MAGMA 使用比较简单。 下面简要介绍基于 MAGMA 的 gene-based 关联分析研究。 1. 下载、安装 MAGMA wget https://ctg.cncr.nl/software/MAGMA/prog/magma_v1.09.zip unzip magma_v1.09.zip 2. 下载公共数据 # 下载基因位置文件NCBI37.3.gene.locwget https://ctg.cncr.nl/software...
MAGMA软件第一步是SNP注释步骤，输入的文件是bim文件（plink格式文件）和基因的位置信息。 magma --annotate --snp-loc [SNPLOC_FILE] --gene-loc [GENELOC_FILE] --out [OUTPUT_PREFIX] ①SNP位置信息文件应该包含三列，即前三列为SNP ID, chromosome, 和base pair position，如果是plink...