当且仅当--nomodel和--fix-bimodal设置使用。 --shift: 使用这个参数一定要谨慎,因为这个参数已经被--extsize取代了!这个参数是绝对的偏移值,会先于--extsize前对read进行延伸。MACS会通过建模的方式自动计算出read需要偏移的距离,除非你对自己的数据非常了解,或者前期研究都表明结合中心在read后面的那个位置上,你...
--nomodel: 这个参数说明不需要MACS去构建模型,也就是说下面的参数除了--shift, --extsize外都会被无视。 --extsize: MACS使用这个参数将read以5'-> 3'衍生至等长片段。比如说你知道你的转录因子的结合区域是200bp,那么参数就是--extsize 200。当且仅当--nomodel和--fix-bimodal设置使用。
--nolambda: 不要考虑在峰值候选区域的局部偏差/λ Shift 模型参数: --nomodel这个参数和extsize、shift是配套使用的,有这个参数才可以设置extsize和shift。 --extsize当设置了nomodel时,MACS会用--extsize这个参数从5'->3'方向扩展reads修复fragments。比如说你的转录因子结合范围200bp,就设置这个参数是200。
macs2 callpeak-B-t cond1_ChIP.bam-c cond1_Control.bam-n cond1--nomodel--extsize120# condition2 macs2 callpeak-B-t cond1_ChIP.bam-c cond1_Control.bam-n cond1--nomodel--extsize120 在运行这一步的时候,会输出每个样本过滤之后的reads数目,示意如下 代码语言:javascript 代码运行次数:0 运行...
对没有input数据的BAM文件进行peak calling可以使用MACS2的“nomodel”参数。这会让MACS2在不使用输入文件的情况下,直接进行峰值识别。 以下是使用MACS2进行peak calling的命令: macs2 callpeak -t your_file.bam -f BAM -n output_name --nomodel --shift -100 --extsize 200 -g hs ...
当且仅当--nomodel和--fix-bimodal设置使用。 --shift: 使用这个参数一定要谨慎,因为这个参数已经被--extsize取代了!这个参数是绝对的偏移值,会先于--extsize前对read进行延伸。MACS会通过建模的方式自动计算出read需要偏移的距离,除非你对自己的数据非常了解,或者前期研究都表明结合中心在read后面的那个位置上,你...
–SHIFT:–shiftsize已经被 –extsize所替代;–nomodel设定之后,MACS 会用这个参数剪切reads5’,利用–extsize 延伸reads 3’端;如果设为负数,方向相反(3’->5’ );ChIP-Seq建议设置为0;当检测富集切割位点时,例如DNAseI-Seq datasets,此参数应该设为 -1 * half of EXTSIZE( EXTSIZE设为200,此参数为-100...
--nomodel: 这个参数说明不需要MACS去构建模型,也就是说下面的参数除了 --shift, --extsize外都会被无视。 --extsize: MACS使用这个参数将read以5'-> 3'衍生至等长片段。比如说你知道你的转录因子的结合区域是200bp,那么参数就是 --extsize 200。当且仅当 --nomodel和--fix-bimodal设置使用。 --shift...
macs2 callpeak-t H1hesc.final.bam-n sample--shift-100--extsize200--nomodel-B--SPMR-g hs--outdir Macs2_out2>sample.macs2.log MACS2输出文件解读 NAME_peaks.xls包含peak信息的tab分割的文件,前几行会显示callpeak时的命令。输出信息包含: ...
不用双峰的参数好像是打错了 --nomodel才是 2024-01-06 回复1 李铁柱 NAME_model.r 在运行时一直报错“Error: unexpected symbol in:”请问这是为什么呢 2023-07-10 回复喜欢 俊逸 请问macs2 -c 如果输入多个对照(同时想比较基因组和IgG)是取交集还是并集呢? 2023-02-21 回复...