--nolambda: 设置这个参数就意味着不用MACS推荐的动态lambda,而是使用背景lambda作为local lambda,也就是不考虑染色质结构等造成的局部偏误。 --slocal, --llocal: 这两个参数也是MACS用来计算动态lambda会用到,分别计算1kb内lambda(slocal)和10kb的lambda(llocal),目标是处理类似于开放染色质区域的效应。注,如果...
–NOLAMBDA:不考虑peak 候选区域的偏差,使用背景λ作为 localλ。 –SLOCAL, –LLOCAL:设定两个水平检测peak 区域,从而计算最大λ作为local λ。默认,MACS 采用1000bp为small local region(–slocal),10000bps为large local region(–llocal)计算开放染色体区域的偏差。区域设置的太小,尖峰会掩盖掉旁边显著性的峰...
--nolambda: 不要考虑在峰值候选区域的局部偏差/λ Shift 模型参数: --nomodel这个参数和extsize、shift是配套使用的,有这个参数才可以设置extsize和shift。 --extsize当设置了nomodel时,MACS会用--extsize这个参数从5'->3'方向扩展reads修复fragments。比如说你的转录因子结合范围200bp,就设置这个参数是200。
--nolambda: 不要考虑在峰值候选区域的局部偏差/λ q值与峰宽有一定的联系。理想情况下,如果放宽阈值,您将简单地获得更多的峰值,但是使用MACS2放松阈值也会导致更宽的峰值。 Shift 模型参数: --nomodel这个参数和extsize、shift是配套使用的,有这个参数才可以设置extsize和shift。 --extsize当设置了nomodel时,MA...
--nolambda: 不要考虑在峰值候选区域的局部偏差/λ Shift 模型参数: --nomodel 这个参数和extsize、shift是配套使用的,有这个参数才可以设置extsize和shift。 --extsize 当设置了nomodel时,MACS会用--extsize这个参数从5'->3'方向扩展reads修复fragments。比如说你的转录因子结合范围200bp,就设置这个参数是200。
--nolambda: 设置这个参数就意味着不用MACS推荐的动态lambda,而是使用背景lambda作为local lambda,也就是不考虑染色质结构等造成的局部偏误。 --slocal, --llocal: 这两个参数也是MACS用来计算动态lambda会用到,分别计算1kb内lambda(slocal)和10kb的lambda(llocal),目标是处理类似于开放染色质区域的效应。注,如果...
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MACS2使用 \lambda_{local} 计算peak 的 p 值,没有 control 则没有 \lambda_{1k}。 输入的数据为 2.3.3 samtools sort 后的文件。 #有control数据 for i in *.bam do macs2 callpeak -f BAM -c control.bam -t $i -n $i -g hs --outdir ../macs2/ --bdg -q 0.05 done #没有control...
Macs2 操作手册与介绍 ChIP-seqanalysiswithMACS2 Tipsandtricks SamiHeikkinen,PhDDocentinMolecularBioinformatics InstituteofBiomedicine,UEF ChIP-Seqsimplified Where?Park,NatRevGenetics,2009 Schmidtetal,Methods,2009 Frombindingtobindingsites ChIP-seq Controlsample:“Input”or“IgG”-Input:sonicatedchromatin wit...
macs2 callpeak-B-t cond1_ChIP.bam-c cond1_Control.bam-n cond1--nomodel--extsize120 在运行这一步的时候,会输出每个样本过滤之后的reads数目,示意如下 代码语言:javascript 代码运行次数:0 运行 AI代码解释 # tags after filteringintreatment:19291269# tags after filteringincontrol:12914669 ...