4.macs2 callpeak -t ChIP.bam -c Control.bam --broad -g hs --broad-cutoff 0.1 我们先来介绍这个案例里的参数。首先是常规的peak calling用到的参数 -t/--treatment FIELNAME和-c/--control FILENAME表示处理样本和对照样本输入。其中-t必须,很好理解,没有处理组你还找啥Peak。
peak有narrow peak和broad peak, 设置时可以call broad peak 的结果文件。 --broad-cutoff和pvalue、以及qvalue相似 --nolambda: 不要考虑在峰值候选区域的局部偏差/λ Shift 模型参数: --nomodel这个参数和extsize、shift是配套使用的,有这个参数才可以设置extsize和shift。 --extsize当设置了nomodel时,MACS会...
寻找ChIP-seq的组蛋白(Histone )Mark的命令: macs3 callpeak -t ChIP.bam -c Control.bam --broad -g hs --broad-cutoff 0.1 对于ATAC-seq双端数据的操作: macs3 callpeak -f BAMPE -t ATAC.bam -g hs -n test -B -q 0.01 -f是输入文件的格式,可以是BAM、BED,软件可以自动识别,但是需要注意自...
--broad:使用该参数后,MACS进行宽峰的callpeak。 --broad-cutoff:宽峰的统计值cutoff。默认使用q值过滤不显著的峰,如果加了-p就用p值过滤。 示例用法 # 常规转录因子ChIP-seq的peak calling: $macs2 callpeak -t ChIP.bam -c Control.bam -f BAM -g hs -n test -B -q 0.01 # 组蛋白修饰类宽峰ChI...
–BROAD-CUTOFF:broad region阈值;pvalue 设定就是pvalue ,未设定就是qvalue;DEFAULT: 0.1。 –TO-LARGE:此参数设定后,线性放大小样本到大样本一样的深度;默认是缩小大样本到小样本深度。 注意:放大小样本可能产生更多的假阳性。 –DOWN-SAMPLE:设定此参数,使用随机抽样方法缩小大样本。随机抽样会使记过不稳定和...
-qQVALUE][-pPVALUE][--to-large][--ratioRATIO][--down-sample][--seedSEED][--nolambda][--slocalSMALLLOCAL][--llocalLARGELOCAL][--broad][--broad-cutoffBROADCUTOFF][--call-summits]-t/--treatmentFILENAMEThisistheonlyREQUIREDparameterforMACS.UsingMACS–connecttoserver •OpentheSSHclient –...
.gz.sorted_deduplicate_bam'#对照组样本名nohup macs2 callpeak\-t${treat}\#输入的对照组-c${condtrol}\#输入的对照组-f BAM\#输入文件格式-g mm\#实际比对的基因组大小 这里是mm10-n ~/chip-seq/4macs/${id%.sorted*}\#输出结果前缀-B --broad --broad-cutoff 0.01 broad peaks,这里用是组...
python2.7macs2 callpeak-t ChIP.bam-c Control.bam--broad-g hs--broad-cutoff 0.1 There are seven major functions available in MACS serving as sub-commands. 详细参数说明: https://pypi.python.org/pypi/MACS2 (有下载网址和安装、使用示例) ...
[--broad] [--broad-cutoffBROADCUTOFF][--call-summits]-t/--–connecttoserverOpentheSSHclientatWin–>Allprograms–>SSHSecureshell–>Secureshellclient“Quickconnect”connection::<youruserID>password:<yourpassword>.‘cd/home/work/public’togettothefolderweusetoday(fromwhereveryouare)or,togetbackto...
[--down-sample] [--seed SEED] [--nolambda] [--slocal SMALLLOCAL] [--llocal LARGELOCAL] [--broad] [--broad-cutoff BROADCUTOFF] [--call-summits] callpeak – Options - Input Input files arguments: -t TFILE [TFILE ...], --treatment TFILE [TFILE ...] ChIP-seq treatment file...