Macs2 bdgdiff的原理是基于两个重要的统计模型:基因组均一性模型和差异性模型。基因组均一性模型假设两个实验之间的测序深度分布是相同的,差异性模型则假设两个实验之间的测序深度分布存在差异。Macs2 bdgdiff通过比较这两个模型的拟合度来确定差异。 具体来说,Macs2 bdgdiff首先会对两个实验的测序深度数据进行平滑处...
MACS2作为使用最广泛的peak calling软件,在v2版本中添加了差异peak分析的功能,所有的子命令功能描述如下 通过bdgdiff子命令来进行差异peak分析, 该命令不需要基于已有的peak calling结果,只需要输入每个样本对应的bedGraph格式的文件。需要注意的是,该命令只针对两个样本间的差异peak进行设计,适用于没有生物学重复的情况。
bdgdiff能用来分析4个bedgraph文件,得到treatment1 vs control1, treatment2 vs control2, treatment1 vs control2, treament2 vs control1的得分。 filterdup:过滤重复,结果是BED文件 predictd:从比对文件中估计文库大小或d randsample: 随机抽样 pileup:以给延伸大小去堆积(pileup)比对得到的reads。这一步不会有...
MACS是一款最为流行的peak calling软件,最初是针对转录因子的chip数据来设计的,在最新版本中,也添加了对组蛋白修饰的适配。目前最新版本为v2.0,官网如下 https://github.com/taoliu/MACS 在2.0版本中提供了以下多个子命令 callpeak bdgpeakcall bdgbroadcall bdgcmp bdgopt cmbreps bdgdiff filterdup predictd p...
bdgdiff filterdup predictd pileup randsample refinepeak 每个子命令和对应的功能描述如下 本文主要介绍macs2最经典的使用场景peak calling, 基本用法如下 代码语言:javascript 复制 macs2 callpeak \-t ip.bam \-c input.bam \--outdir out_dir \-n chip \-g hs ...