利用上面的结果绘制 MA 图,这里面绘图函数plotSmear 是 edgeR 软件包内置的函数,所以在整个软件包计算出来的差异表达结果可直接读入该函数,我们选择pvalue < 0.001, foldchange = 2,获得上调基因 3230 下调基因 1298,其他为不显著基因,如下: deGenes <- decideTestsDGE(lrt, p=0.001, lfc = 2) summary(deGen...
MA plot即M-versus-A plot,在芯片数据处理出现之前也称为Bland-Altman plot,是由发明者名字命名的,而MA plot是对M与A作图而得名,M是minus的缩写,代表两个值之差,A是add的缩写,代表两个值之和。有研究者也把MA plot称为Ratio-Intensity (RI) plots,同时MA也正好是micro-array的简写。 一、MA图简介 MA图...
异常值的检测:在MA图中,异常值往往是位于纵轴上方或下方的离群点,可能表示实验条件之间的技术差异或其他原因导致的异常情况。 总结 MA图是一种常用的生物信息学数据可视化方法,可以帮助我们比较两个实验条件下的基因表达水平。通过绘制MA图,我们可以识别差异基因、确定基因表达方向,并检测异常值。在R语言中,可以使用gg...
今天要介绍的内容是如何用R语言绘制MA图。 1)首先准备数据,如下: 第一列为基因ID,*_FPKM为样品FPKM值(列名必须包含'FPKM'),第四列为FDR,第五列为log2FC,第六列为基因上下调信息。 2)用R语言绘制MA图,代码如下: ### load libraryrequire(ggplot2)library(RColorBrewer)library(getopt)mycol<-brewer.pal(...
MA指标是英文(Moving average)的简写,叫移动平均线指标。移动平均线(MA)具有趋势的特性,它比较平稳,不像日K线会起起落落地震荡。越长期的移动平均线,越能表现稳定的特性。不轻易向上向下,必须等股价趋势的真正明朗。移动平均线说到底是一种趋势追踪工具,便于识别趋势已经终结或者反转,新的趋势是否正在形成。
12、MA图的计算过程 为了简化问题,假设有3张芯片,每组数有9个探针: Data: 2,4,6,7,9,10,4,7,8,3 9,5,3,2,5,7,9,10,3,12 6,4,3,2,7,8,1,2,6,9 一、给3组数取2的对数 Log2Data: 1.0,2.0,2.5849626,2.807355,3.169925,3.321928,2.0,2.807355,3.0...
R语言如何绘制MA图MA plot即M-versus-A plot,在芯片数据处理出现之前也称为Bland-Altman plot,是由发明者名字命名的,而MA plot是对M与A作图而得名,M是minus的缩写,代表两个值之差,A是add的缩写,代表两个值之和。有研究者也把MA plot称为Ratio-Intensity (RI) plots,同时MA也正好是micro-array的简写。
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上图表示的MA5：43.78表示此股五日均价为43.75元依此类推MA60：42.97表示此股60天的均价为42.97元 MA均线每日都在发生变动，几条均线经常上下移动，并且会有交叉A，通过形态能找到规律。2 黄金交叉图形 10日20日30日 5日10日20日 只要是短期均线上穿中期均线形成的交叉，中期均线再上穿长期均线形成的交叉...
ma图片是数字媒体时代常见的一种图片格式。作为一种特定的图像文件类型，它可能包含一系列特定的编码和元数据，这使得ma格式的图片可以在不同的平台和设备上呈现一致的视觉效果。此外，这种格式的图片可能支持多种颜色深度和分辨率，并能够以较小的文件大小实现较高的图像质量。这样的特性使得ma图片广泛应用...