m6A修饰作为真核细胞中最为常见的修饰,在不改变碱基序列的前提下,可以对RNA的转录、剪接、翻译等过程起到调控作用,因此可以从m6A修饰的有无以及差异出发挖掘生物学意义,例如Xu等[1]发现缺失FIO1导致拟南芥整体m6A甲基化水平下降,并呈现出早花表型,通过DRS测序分析比较FIO1突变体和野生型之间差异化的m6A修饰,结果显示...
在HEK293T细胞中,研究人员通过APOBEC1-YTH诱导的C-to-U突变10-100nt,在单牛津纳米孔技术(ONT)直接RNA测序(DRS)读数上内源性标记甲基化m6A位点,获得1020237个5聚体单读m6A信号。然后训练了m6Aiso,这是一个深度残差神经网络模型,可以在...
采用链特异性建库流程构建测序文库,分别将构建好的2个测序文库进行高通量测序。因此同一个样本会获得2部分测序数据,用于后续的数据分析。 ②生物信息分析流程 (1)数据质控; (2)peak鉴定(peak calling)及diff peak分析:基于m6A-seq(IP,抗体富集后获取的测序数据)和RNA-seq(input)测序数据进行peak鉴定;目前默认p<...
RNA m6A甲基化测序 简介 服务特点 实验流程 结果展示 m6A(N6-methyladenosine,6-甲基腺嘌呤)是真核生物mRNA内部序列中最常见的一种甲基化修饰,同时可以功能性的调节真核生物的转录组从而影响mRNA的剪接、出核、定位、翻译和稳定。m6A RNA出现在多种重要的细胞生命过程中,意味着mRNA甲基化参与了多种生物学过程,如干...
m6A在调节RNA表达中的作用主要由reader蛋白执行。最近的研究表明YTHDF2调控ALKBH5的靶点。正如预期的那样,m6A测序发现YTHDF2结合位点与ZNF333的m6A修饰区非常接近。进一步的研究显示过表达YTHDF2部分抵消了ALKBH5水平升高对ZNF333表达的影响。相反,敲低ALKBH5降低了ZNF333的表达,并且YTHDF2的抑制逆转了这种降低。此外,...
目前RNA m6A主流的测序方法依然是基于抗体的MeRIP,但该测序方法存在明显的缺点,包括分辨率低,无法定量,比较不同条件下m6A差异有局限性,以及建库需要大量的RNA,不能应用于单细胞水平的研究等。近年来陆续开发的m6A测序方法(如Mazter-seq, m6A-REF-seq, DART-seq, m6A-SEAL, m6A-label-seq等)也只是部分解决了上述...
为了证实 GLORI 检测m6A 的准确性,研究认为将该方法应用于检测 HEK293T 细胞的 mRNA,这些细胞 m6A *初是通过体外去甲基化酶 FTO处理去除,LC-MS/MS 显示,FTO能够去除约 80% 的 m6A。GLORI测序结果发现,经 FTO 处理后,约 99%m6A 位点的修饰水平下降,其中约 80% m6A 位点的修饰水平下降了 50%以上(图 2g)...
这些突变能够用于标记m6A位点,而不会干扰纳米孔直接RNA测序(ONT DRS)中m6A甲基化5-mer的电流信号。基于这种内源性标记策略,作者在ONT DRS数据中提取了1020237个读长水平的5-mer m6A信号,并结合深度残差神经网络,成功开发了能够在单条读...
m6A或其他修饰MeRIP测序之后经常会需要通过一种“可视化”方法,直观考察以及展示到文章中个别基因或区域的测序原始信号(coverage)和序列比对情况,即展示甲基化峰。类似的可视化展示也常常应用在一些其他的需要分析信号峰的测序中,如MeDIP-seq、ChIP-seq、ATAC-seq等。今天为大家逐步详细介绍用IGV软件进行甲基化峰可视化的...