1.RMVar/m6AVar 数据库网址: rmvar.renlab.org m6avar.renlab.org 数据库简介: m6AVar是一个综合性数据库,收集了可能影响m6A修饰的相关变体。这个数据库的建立对于通过m6A功能来解释基因变异具有重要意义。 m6AVar中的数据来源多样,包括: ①miCLIP/PA-m6A-seq实验数据(高可信度) ②MeRIP-Seq实验数据(中等可信...
m6A-Atlas 180.208.58.66/m6A-Atlas 以下,从5个方面介绍m6A-Atlas的使用功能。 01 search 这是数据库主页搜索功能。先在左侧选择对应的物种,系统自动选的是人类,然后输入自己所查询的关键词,这里我们以基因SOX4为例。搜索结果如下:基因SOX4有52个m6A修饰位点,每个位点的注释信息包括了基因组位置,基因位置,来源文章...
M6A2Target主要由五个模块组成: Validated Targets:储存了已经实验验证的m6A WER靶基因(包括免疫共沉淀、RNA pulldown、荧光素酶报告基因系统、敲低或过表达并得到qPCR的验证等)。用户可以查询特定物种、特定细胞系或特定类型WER中的已验证靶标。 Potential Targets:该模块储存了通过高通量测序数据分析预测的靶基因,包括...
在线数据库SRMAP寻找m6A单碱基位点 打开SRMAP数据库(http://www.cuilab.cn/sramp),将刚才拿到的SOCS3序列复制到右侧Mature mRNA mode中输入框中,二级结构为可选项我们这边选择了Yes(much slower)。之后点击Submit后数据库会新打开一个网页,对m6A位点和二级结构进行预测。记住,千万不要在中途关闭该网页,一般等待1-...
SRAMP是一个用于预测哺乳动物RNA序列上m6A修饰位点的数据库。以下是关于SRAMP的详细解答：主要功能：SRAMP特别适用于lncRNA、circRNA等测序数据不充足的条件下的m6A修饰位点预测。开发背景：由北京大学基础医学院崔庆华教授课题组开发，并发表在《Nucleic Acids Research》上，该数据库已被广泛引用。使用方式：...
中山大学肿瘤防治中心研究团队开发了M6A2Target数据库，这是一个专门针对m6A WER靶基因的综合资源库。数据库包括人类和小鼠的所有已识别WER的靶点及其相关详细信息。M6A2Target收集了实验验证的靶基因（Validated Targets）和通过高通量测序数据分析获得的潜在靶基因（Potential Targets），目前包含1034个实验验证...
那m6A能进行数据挖掘么?肯定能啊 ……所以夏老师就随便夏季把给你们找了好几个工具,但挑了个有用点的给你们讲一下 。这个数据库是整合了好多个甲基化测序数据集的数据库,叫: 对,就叫“人民币”, 是双鸭山大学建立的一个数据库( 鸭大最近几年好像建了好多数据库,果然还是有人民币啊 ...
玩转m6A数据库,让你的研究飞起来! 🔍 m6A数据探索 m6A是一种在真核生物中广泛存在的mRNA修饰,它参与了多种生物过程和疾病的发生。这个修饰过程由“writers”(如METTL3)、“erasers”(如FTO)和“readers”共同调控,从而影响基因表达。 📚 数据库资源 RMVar/m6AVar:提供m6A相关变体数据,帮助研究基因变异与m6A功...
在此,开发了一个名为“M6AREG”的新数据(https://idrblab.org/m6areg/),以(i)首次系统地涵盖以m6A为中心的调节对疾病发展和药物反应的影响的数据,(ii)明确描述每种类型调节的分子机制,以及(iii)通过与现有数据库的链接,充分参考收集的数据。由于积累的数据对不同学科(如病理学和病理生理学、临床实验室诊断、...
m6A-Atlas是一个全功能、高可靠度数据库，专门用于解读m6A表观遗传组。它提供了m6A位点和定量表观转录组谱的高置信度集合，包括保护、转录后机制的位点、假定的生物学功能以及单个m6A位点的疾病关联和感染过程中宿主和病毒的转录组。m6A-Atlas的特点包括：收集了7种碱基分辨率技术鉴定的442162个高置信度m6A...