LTR_retriever 是一个用于从基因组中检测和提取长末端重复序列(LTR)逆转录转座子的工具。LTR 逆转录转座子是真核生物基因组中常见的一类转座子,它们通过逆转录的方式在基因组中复制和插入,对基因组结构和功能具有重要影响。 LTR_retriever的主要功能包括: LTR检测:通过对基因组序列进行分析,识别其中的长末端重复序列。
但是第二步时(LTR_retriever -threads 4 -genome Athaliana.fa -infinder Athaliana.finder.scn),报错,原因为:Dependency checking: Error: The RMblast engine is not installed in RepeatMasker! RepeatMasker依赖问题。可能是conda只负责安装,不进行依赖配置???按照(2. RepeatModeler+RepeatMasker的安装与使用)进行了...