LTR插入时间分析 LTR_retriever会为每个LTR计算插入时间,上述分析的结果在TAIR10.fa.pass.list中,我们可以利用该结果进行作图。该值默认是水稻的1.3e-8, 拟南芥大概是 7e-9. 例如[1]比较了 A. lyrata 和 A. thaliana 的LTR插入时间的均值和中位数, 发现 A. lyrata 的LTR插入时间都比较年轻。 [2]比较了 ...
LTR_retriever最后一行的进程数,可以根据服务器性能自行修改。-u参数是指定你的物种的进化速率,默认的是水稻的进化速率1.3e-8,此处改为拟南芥的7e-9. 如果你运行的时候没有加参数-u,可以根据计算公式T = (1 - identity) / 2µ,此处的μ就是输入的参数u的值,来反推正确的插入时间。或者是使用结果文件*.pas...
ltr_finder -D 15000 -d 1000 -L 7000 -l 100 -p 20 -C -M 0.9 TAIR10.fa > TAIR10.finder.scn & LTR_retriever支持单个候选的LTR, LTR_retriever -genome TAIR10.fa -inharvest TAIR10.harvest.scn 也支持多个候选LTR输入 LTR_retriever -genome TAIR10.fa -inharvest TAIR10.harvest.scn -infinde...
LTR_retriever会为每个LTR计算插入时间,上述分析的结果在TAIR10.fa.pass.list中,我们可以利用该结果进行作图。该值默认是水稻的1.3e-8, 拟南芥大概是 7e-9. 例如[1]比较了A. lyrata和A. thaliana的LTR插入时间的均值和中位数, 发现A. lyrata的LTR插入时间都比较年轻。 [2]比较了C. rubella,A. thaliana,A....