rusage: 资源用量,作业需要使用的资源数量。比如-R "rusage[mem=512M]",表示内存使用量为512M,保留给作业使用。调度器将这些资源从节点可用资源中扣除,不再分配给别人。 order: 资源顺序,计算节点的选择顺序。比如-R "order[mem]",当多个机器可选的时候,优先选择内存较大的计算节点。 这些都是一般的资源需求。 9. 并行作业需求
如 -M 20GB -R "rusage[mem=20GB]" 申请20GB的内存,且其内存使用量不能超过20G -m 指定作业运行节点 -W hh:mm 设置作业运行时间 -w 作业依赖,方便写流程,如-w "done(JobA)",作业名为JobA的作业完成之后,该作业才开始运行;作业依赖详细用法 -K 提交作业并等待作业结束,在写流程时会用得上,可以见...
與靜態方法一樣,需要授權的工作在工作 rusage 表示式中要求授權。 不過,您也應該指定授權 rusage的持續時間 (通常為幾分鐘)。 LSF 會從第一次分派工作的時間開始,在此指定期間保留工作的授權。 指定持續時間足夠長,工作可以在持續時間到期之前從授權伺服器移出授權。 在下列範例中,授權特性有兩個單元。 您想要執行...
每個需要授權的工作都必須在其 rusage 表示式中包含授權需求,以確保在分派工作時,有足夠的授權可供工作使用。在高查詢負載下維護叢集效能當啟用 CPU 頻率監督者時,工作在 LSF 中執行時間較長,但直接在機器上執行時執行更快。 最佳化 LSF 工作處理。Oracle Solaris 及 IBM AIX 這說明 LSF 如何在 OS 分割及虛擬...
如果对作业需要消耗的资源不是很清楚的用户,建议在提交批量作业前,先用交互模式跑一个,看看资源消耗情况,然后再合理申请资源,使用诸如-n 4 -M 20GB -R "rusage[mem=20GB]" 等选项,限制每个作业占用的资源,避免多个作业挤在一个节点,导致节点负载过高或内存耗尽而崩溃。
如果对作业需要消耗的资源不是很清楚的用户,建议在提交批量作业前,先用交互模式跑一个,看看资源消耗情况,然后再合理申请资源,使用诸如-n 4 -M 20GB -R "rusage[mem=20GB]" 等选项,限制每个作业占用的资源,避免多个作业挤在一个节点,导致节点负载过高或内存耗尽而崩溃。
在提交批量作业前，建议先使用交互模式跑一个作业，评估资源消耗情况，然后合理申请资源，如使用-n 4 -M 20GB -R "rusage[mem=20GB]" 等选项限制每个作业资源，避免多个作业挤占同一节点，导致负载过高或内存耗尽。在处理生信中大量作业及复杂流程时，建议将流程步骤直接用bsub提交，合理申请资源。例如...
13、-app ms#BSUB -o %J.out#BSUB -e %J.err#BSUB -n 12#BSUB -R "spanptile=6"#BSUB -R "rusagemslic=1"(判断模块 license是否被占用)/home/msi/Accelrys/MS55_IB/etc/DMol3/bin/RunDMol3.sh -np 2 A或者/home/MS55/Accelrys/etc/DMol3/bin/RunDMol3.sh -np 2 AFluent (把下面内容编写...
如 -M 20GB -R "rusage[mem=20GB]" 申请20GB的内存,且其内存使用量不能超过20G;-m 指定作业运行节点;-W hh:mm 设置作业运行时间;-w 作业依赖,方便写流程,如-w "done(JobA)",作业名为JobA的作业完成之后,该作业才开始运行;-K 提交作业并等待作业结束,在写流程时会用得上,可以见后面的例子-P ...
rusage span same cu 46 IBM LoadLeveler to IBM Platform LSF Migration Guide Mapping LoadLeveler requirements to LSF resource selection (select string) The following code sample shows the LSF resource requirements selection string syntax: select[selection_string] order[order_string] rusage[usage_string ...