RESOURCE REQUIREMENT DETAILS: Combined: select[(mem>1024.00) && (type == local)] order[r15s:pg] rusage[mem=5 12.00] Effective: select[(mem>1024.00) && (type == local)] order[r15s:pg] rusage[mem= 512.00] 上面的作业脚本提交,等价于命令行: bsub -R 'select[mem>1G] rusage[mem=512M]'...
LSF定期与LSF License Scheduler通信以获取可用于LSF集群的许可证数,然后根据其rusage表达式保留用于运行作业的许可证; 其余可用许可证用于分派暂挂作业。 在LSF连接到LSF License Scheduler的时间间隔内,可使用已完成作业释放的许可证来立即分派暂挂作业。 在以下示例中,有三个单元的许可证功能部件。 在LSF作业外部使用...
您只应该在资源需求字符串的rusage部分中指定可使用的资源。 在rusage部分中,将忽略不可使用的资源。 不可使用的资源不应可释放。 非可使用数字资源应该能够在资源需求字符串的order,select和same部分中使用。 LSF如果rusage部分包含非消耗性资源,则拒绝资源需求字符串。
以跑多样本的STAR为例,将下面的脚本保存为run_STAR.sh,运行该脚本,即可同时提交一批作业,而不用一个个手动提交。如果对作业需要消耗的资源不是很清楚的用户,建议在提交批量作业前,先用交互模式跑一个,看看资源消耗情况,然后再合理申请资源,使用诸如-n 4 -M 20GB -R "rusage[mem=20GB]" 等选项,限制每个作业...
例如,bsub -R rusage[diskspace=1T] ./app,diskspace是自定义的扩展资源,是计算节点上的本地磁盘空间大小。这个作业需要LSF调度1T的磁盘空间给自己运行使用。通过配置diskspace,LSF就可以为作业调度并保留需要的磁盘空间。 下面我会用一个最简单的例子,说明扩展资源的建立。
如果对作业需要消耗的资源不是很清楚的用户,建议在提交批量作业前,先用交互模式跑一个,看看资源消耗情况,然后再合理申请资源,使用诸如-n 4 -M 20GB -R "rusage[mem=20GB]" 等选项,限制每个作业占用的资源,避免多个作业挤在一个节点,导致节点负载过高或内存耗尽而崩溃。
在提交批量作业前，建议先使用交互模式跑一个作业，评估资源消耗情况，然后合理申请资源，如使用-n 4 -M 20GB -R "rusage[mem=20GB]" 等选项限制每个作业资源，避免多个作业挤占同一节点，导致负载过高或内存耗尽。在处理生信中大量作业及复杂流程时，建议将流程步骤直接用bsub提交，合理申请资源。例如...
如 -M 20GB -R "rusage[mem=20GB]" 申请20GB的内存,且其内存使用量不能超过20G;-m 指定作业运行节点;-W hh:mm 设置作业运行时间;-w 作业依赖,方便写流程,如-w "done(JobA)",作业名为JobA的作业完成之后,该作业才开始运行;-K 提交作业并等待作业结束,在写流程时会用得上,可以见后面的例子-P ...
#BSUB -R "rusage[mem=40GB]"# -- parallel environment requests -- #BSUB -n 20 ### -- ...
add tool memPrediction, which is used to set job rusage mem value; update lsfMonitor to V1.5 version. liyanqing1987committedJun 16, 2024 ecb9760 Commits on Mar 15, 2024 Update to version V1.4.2, support multi LSF/openlava clusters. liyanqing1987committedMar 15, 2024 c1fc927 Commits...