火山图的横轴为log2(Fold Change)，一般简称为logFC，体现的是基因在样本间的差异表达倍数。从单个基因...
dt$logFC < -1 & dt$P.Value < 0.05 ~"Down", abs(dt$logFC) <= 1 ~"None", dt$P.Value >= 0.05 ~"None") head(dt) #分别获取表达差异最显著的10个上下调基因; up<- filter(dt,group=="Up") %>% top_n(10,logFC) down<- filter(dt,group=="Down") %>% top_n(10,abs(logFC...
饼图函数pie。pie也需要和table函数结合使用。 AI检测代码解析 > pie(table(x$x2)) 1. 箱线图boxplot,对三门课程画箱线图。 AI检测代码解析 > boxplot(x$x1,x$x2,x$x3) 1. 指定箱线图的颜色 AI检测代码解析 > boxplot(x[2:4],col=c('red','green','blue')) 1. 使用horizontal=T将箱线...
左侧为所有的差异基因信息，右边为火山图。也可以选择阈值参数，作者限定的是logFC值，PS：这个工具有一个缺点就是不能定义logFC值，只能定差异倍数，我们一般分析都认为若差异倍数为两倍则显著上调或显著下调。但是在此数据集中，我们设置差异倍数为2即log2FC为1的时候，基本上没有显著性差异的基因，所以说在文章中...
log2FC中的FC即 fold change，表示两组样品间表达量的比值，对其取以2为底的对数之后即为log2FC。一般默认取log2FC绝对值大于1为差异基因的筛选标准（即差异两倍以上的视为差异基因）。我们画火山图，只需要其中的log2FC和FDR就可以了。在绘图之前，我们需要对FDR进行转换，将它的值变成-log10，如果...
FC:基因差异倍数(fold change),即一个基因在一组样本表达量均值除以其在另一组样本中的表达量均值。大于1表示上调,小于1表示下调。 log2FC:即Log2(fold change)火山图中横坐标的变量,将“fold change”进行了log2转化后,获得的数据中正数为上调的基因/负数为下调的基因,这样就可以使火山图两边对称分布(即左侧...
生物信息学之图解（一）1、火山图 用途：展示差异表达的基因，常常出现在芯片、测序等组学检测技术的结果中。（1）FC——fold change（差异倍数） 一般以2倍作为标准 （2）横轴为log2FC——以2为底差异倍数的对数（有时变异倍数为十几倍甚至几十倍不好表示，所以取对数）（3）两条竖虚线分别为X=-1和X=1 ...
#绘制差异气泡图: p1<- ggplot(dt, aes(x = x, y = gene)) + geom_point(aes(size = log2fc, fill= -log10(pvalue)), color="black", shape= 21,#带描边的圆形bubble stroke= 0.8) +#描边粗细 scale_size(range = c(3, 10)) + ...
1⃣️坐标轴:横轴是log2(Fold change),显示差异倍数(FC),点越偏离中心,表示差异倍数越大;纵轴是-log 10 (adj. p-value),显示显著性,点越靠图的顶部,表示差异越显著; 2⃣️点:图中每个点代表一个检测到的基因(或蛋白、代谢物等),图中这些点分别具有不同颜色,颜色的意义可以参考图片右侧的图例: ...
工具/原料 几何画板 方法/步骤 1 以对数函数f(x)=log3x为例，1.输入换底公式。选择“绘图”——“绘制新函数”，打开新建函数对话框，在函数按钮中选择“log”，在括号中输入x，在括号外输入除号，在函数按钮中选择“log”，输入“3”，如图所示。2 2.确定后，绘图区域会出现对数函数f(x)=log3x的图象。