fpkm为基因表达量的值，测序结果通常给出测出的所有基因的表达量值，通常FPKM值横跨10^-2到10^4六个数量级。FC为两样本（组）基因间的比值，在转录组测序中，早期样本组1，某基因平均FPKM值为455，中期样本组2，某基因平均FPKM值为100， 这个基因在样本组1、2之间的FC=455/100.=4.55 取log2FC...
我看有的文章里用的是（FPKM+1）或（FPKM+0.001）来取对数
FPKM在很久之前的应用比较多，现在用TPM比较多，可以将FPKM先转化为TPM，再进行log2(TPM + 1)处理，...
4、页 http:/www.r-project.org/,12,CRAN,The Comprehensive R Archive Network 简称CRAN,由世界几十个镜像网站组成网络,提供下载安装程序和相 应软件包。各镜像更新频率一般为1-2天,13,Windows下载和安装R,14,15,FAQs,16,17,18,19,图 4 R登陆界面(Windows版) 路径: 开始所有程序R 3.0.1,菜单栏,快捷按...
在log2fc足够大且fpkm也大于10的情况下，如果p值大于0.05，我们不能认为基因在两个条件之间有显著差异表达。这是因为p值是衡量差异表达是否显著的指标，通常情况下，p值小于0.05被认为是显著差异表达的阈值。但当log2fc和fpkm都比较高时，说明基因在两个条件中表达量差异很大，因此p值即使稍微大一些...
这也就能回答小果同事的第二个问题了:不能直接利用count相当于基因的表达量,因为存在基因长度和测序深度等问题直接影响着count的数量而并非是生物学因素。因此FPKM和TPM就应运而生: FPKM/RPKM:全称为Fragment/Reads per kilo base of transcript per million mapped reads,意思为每百万fragment或reads获得对应基因的...
就可视化（visualisation）而言：可以将这些点进行插补替换（比如FC的range在-10到10之间，那么可以把负无穷...
R语言中FPKM数据log2转换 1、1,语言,统计、绘图与编程,2,第1章 R 简介-什么是R?,图1 R首页的图形 R是一种统计绘图语言,也指实现该语言的软件。,The R Project for Statistical Computing,3,简史,R语言是从S统计绘图语言演变而来,可看作S的“方言”。 S语言上世纪70年代诞生于贝尔实验室,由Rick Becker...
prob_1= math.log2(count+1/(total_pos+vocab_len)) prob_p= prob_p+prob_1else: prob_1 = math.log2(1/(total_pos+vocab_len)) prob_p= prob_p+prob_1returnprob_p 开发者ID:sowmyabejjipuram,项目名称:NLP,代码行数:25,代码来源:naive_bayes_with_cross_validation.py ...
Figure S1. Age vs. candidate Log2 FPKM gene expression comparison. RET expression between patients <18 months and >18 months. RET, GFR α2 and NTRK1 expressions were identified as significant. NTRK, neurotrophic receptor tyrosine kinase. ...