fpkm为基因表达量的值，测序结果通常给出测出的所有基因的表达量值，通常FPKM值横跨10^-2到10^4六个数量级。FC为两样本（组）基因间的比值，在转录组测序中，早期样本组1，某基因平均FPKM值为455，中期样本组2，某基因平均FPKM值为100， 这个基因在样本组1、2之间的FC=455/100.=4.55 取log2FC...
FPKM在很久之前的应用比较多，现在用TPM比较多，可以将FPKM先转化为TPM，再进行log2(TPM + 1)处理，...
我看有的文章里用的是（FPKM+1）或（FPKM+0.001）来取对数
如果fold change就是最终结果，那么正负无穷是有意义的，不能替代。如果fold change是中间结果，最终目的...
FPKM/RPKM:全称为Fragment/Reads per kilo base of transcript per million mapped reads,意思为每百万fragment或reads获得对应基因的1000 bp转录本包含的reads数。这一指标对基因长度和样本内总文库大小进行的充分的考虑,但并不能区分各样本文库之间的差别,因此TPM对其进行了优化。
您好呀[嘿哈]，该基因的目标基因log2fc大于3，本底值也大于30，这说明该基因在处理之间确实存在差异表达。然而，p值为0.102，这意味着差异表达的显著性较低，可能需要更多的样本或更严格的筛选条件来确定其显著性。在log2fc足够大且fpkm也大于10的情况下，如果p值大于0.05，我们不能认为基因在两个...
满意答案 Log2FC等于log2(mean(group1除以group2)。根据查询相关公开信息显示:FC(foldchange)也就是倍数改变,一般取两个样本的比值的均值,由于两个样本之间差异过大,为了缩小数值之间的差异,做对数转换。 00分享举报为您推荐 log2foldchange是什么 log2foldchange怎么计算 log2foldchange circos图怎么看 fpkm...
Log2fc可以通过计算以下公式来计算:Log2fc = log2(sample1的基因表达量/sample2的基因表达量)。也就是说,如果sample1的基因表达量大于sample2的基因表达量,那么Log2fc的值会大于0;反之,如果sample1的基因表达量小于sample2的基因表达量,那么Log2fc的值会小于0。 00分享举报...
count、tpm、fpkm等表达量差异 在进行差异分析、生存分析等下游分析时,有很多粉丝朋友对到底使用哪种类型的数据非常纠结,所以我们今天比较一下counts、tpm、fpkm、vst、cpm的表达量差异,让大家对这些数据类型有一个直观的感受。 03 python装饰器 https://www.liaoxuefeng.com/wiki/1016959663602400/1017451662295584 01 信...
如果你一定要TCGA数据库的转录组测序的TPM表达量矩阵,不妨自己进行转换啊! 首先需要下载TCGA的33种癌症的全部数据,尤其是表达量矩阵和临床表型信息啦,这里我们推荐在ucsc的xena里面下载:https://xenabrowser.net/datapages/,可以看到,确实是没有提供TPM表达量矩阵,但是自己进行转换啊!无论RPKM或FPKM或者TPM格式是多么...