p2<- ggplot(dt,aes(x = `-log10pvalue`,y= Deion)) + geom_col(width = 0.1,#调整宽度,使柱子变成一根细细的'棍子' fill= 'black') + theme_classic p2 #继续添加散点(气泡)图: p3<- p2 + geom_point(aes(size = abs(`-log10pvalue`)), color= 'black') + scale_size_continuous(range...
在统计学中,P值(P-value)是用来判断统计假设是否成立的一个重要指标。通常情况下,P值越小,表示数据与假设之间的差异越显著。在数据分析中,我们经常需要对P值进行处理,以便更好地理解和呈现数据。 R语言是一种强大的统计分析工具,提供了丰富的函数和包,可以方便地对数据进行处理和分析。其中,对P值进行log化是一...
-log10 p value-log10 p value 在一篇文章里看到一个表,里面描述了一些特征的数据,每一行的后面都带了个p-value,所以p-value到底是个啥? 首先通过观测值(x)与期望值(y)计算chi-square. 然后查看卡方分布表: α就是p-value,而n叫做自由度。 自由度就是:x的变量数-1,比如x代表性别,性别有2种,那么自由...
首先我们需要准备如下格式的数据:第一列为feature名(这里以一组代谢物ID为例),第二列、第三列分别为p-value和log2FC值,即分别对应火山图上的横纵坐标,然后使用readxl包读取xlsx数据。 # 加载readxl包library(readxl)# 读取excel数据data <- data.frame(read_xlsx("火山图.xlsx")) # 将P-value值用-log10(...
首先需要说明,这样的图适用于GWAS分析以及甲基化分析得到的结果进行可视化。我们首先看一下图片的内容,横轴是人类的23对染色体,纵轴是差异分析得到的-log10(P value)。以甲基化位点为例,也就是在一张图中呈现出甲基化位点的差异分析结果以及染色体位置信息。大概了解了这张图我们就开始进行实操演示吧。
即False Discovery Rate错误发现率,是通过对差异显著性p值(p-value)进行校正得到的。由于转录组测序的差异表达分析是对大量的基因表达值进行独立的统计假设检验,会存在假阳性问题,因此在进行差异表达分析过程中,采用了公认的Benjamini-Hochberg校正方法对原有假设检验得到的显著性p值(p-value)进行校正,并最终采用FDR作为...
差异的显著性(P-value) 这就是统计学的范畴了,显著性就是根据假设检验算出来的。 假设检验首先必须要有假设,我们假设A和B的表达没有差异(H0,零假设),然后基于此假设,通过t test(以RT-PCR为例)算出我们观测到的A和B出现的概率,就得到了P-value,如果P-value<0.05,那么说明小概率事件出现了,我们应该拒绝零假...
Redis 是完全开源的,遵守 BSD 协议,是一个高性能的 key-value 数据库。Redis 与其他 key - value 缓存产品有以下三个特点:Redis支持数据的持久化,可以将内存中的数据保存在磁盘中,重启的时候可以再次加载进行使用。Redis不仅仅支持简单的key-value类型的数据,同时还提供list,set,zset,hash等数据结构的存储。
Used to reserve file descriptorsforuse bythisprogram.Variables(--variable-name=value)and boolean options{FALSE|TRUE}Value(after reading options)---base64-output(Nodefaultvalue)character-sets-dir(Nodefaultvalue)database(Nodefaultvalue)debug-checkFALSEdebug-infoFALSEdisable-log-binFALSEforce-if-openTRUEforc...
首先我们需要准备如下格式的数据:第一列为feature名(这里以一组代谢物ID为例),第二列、第三列分别为p-value和log2FC值,即分别对应火山图上的横纵坐标,然后使用readxl包读取xlsx数据。 # 加载readxl包library(readxl)# 读取excel数据data <- data.frame(read_xlsx("火山图.xlsx")) # 将P-value值用-log10(...