就是重新下载一个公共数据,然后进行新lncRNA鉴定和注释,分析部分主要是分成两个大块,首先是hisat2+stringtie流程,然后是组装好的gtf文件的后,细致的进行新lncRNA鉴定和注释。 LncRNA-seq数据分析的两个部分 分析流程如下: 新lncRNA鉴定和注释图解流程 前面的hisat2+stringtie流程流程很简单 就是参考:猪狗的参考基因...
前面我系统性的总结了:lncRNA的一些基础知识和lncRNA芯片的一般分析流程,还有lncRNA-seq的一般分析流程,里面提到了一个目前非常小众的分析方向,就是新lncRNA鉴定和注释,因为大部分人研究的物种的human或者mouse,已经被分析的很透彻了,encode计划等资源非常丰富,很少需要鉴定新的lncRNA。 不过对于其它物种,猫狗猪,甚至...
生物信息学进展lncRNA-Seq数据分析.ppt,基本筛选主要由五个部分组成 step1: 对所有样品拼接得到的转录本使用cuffcompare软件进行合并,选择同时被两种拼接软件拼接到,或者同时出现在至少两个样品中的转录本; step2: 选择转录本长度=200bp,Exon个数=2的转录本; step3: 通
lncRNA分析跟常见的mRNA-seq分析重合度很高,无非也是把测序的fastq文件mapping到参加基因组,获取转录本信息,转录本表达定量,表达量的差异分析,比较新的分析就是把转录本分成了lncRNA和mRNA,这样可以考虑它们之间的互相作用,也可以在实验设计的时候加入miRNA和CHIP-seq,这样多种数据结合分析,显得更高大上一点,也能更好...
就是重新下载一个公共数据,然后进行新lncRNA鉴定和注释,分析部分主要是分成两个大块,首先是hisat2+stringtie流程,然后是组装好的gtf文件的后,细致的进行新lncRNA鉴定和注释。 LncRNA-seq数据分析的两个部分 分析流程如下: 新lncRNA鉴定和注释图解流程 前面的hisat2+stringtie流程流程很简单 ...
直接借鉴里面的分析pipeline 1. 构建index 这里用的是lncRNAKB这个数据库,省了不少事,既然NC都用了,那我们也用这个吧。http://psychiatry.som.jhmi.edu/lncrnakb/ 直接下载fasta和gtf文件,然后构建索引。 1 2 3 4 5 6 # hisat2提供了两个python脚本将GTF文件转换成hisat2-build能使用的文件 ...
直接借鉴里面的分析pipeline 1. 构建index 这里用的是lncRNAKB这个数据库,省了不少事,既然NC都用了,那我们也用这个吧。http://psychiatry.som.jhmi.edu/lncrnakb/ 直接下载fasta和gtf文件,然后构建索引。 1 2 3 4 5 6 # hisat2提供了两个python脚本将GTF文件转换成hisat2-build能使用的文件 ...
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