LncRNA顺式(cis)调控基因分析 Antisense长链非编码RNA,至少其中相当多的一部分,能够顺式调节邻近蛋白编码基因的转录,精密控制这些发育多样性基因位点的时空表达,并参与到与之相关的发育和其它生物学过程。顺式调控就是指非编码RNA对临近mRNA的一种转录激活与表达调控方式。LncRNA以...
LncRNA顺式(cis)调控基因分析 主要是反义(Antisense)lncRNA,调节邻近蛋白编码基因的转录。这种lncRNA对临近mRNA的一种转录激活与表达调控方式就是顺式调控。LncRNA以序列互补为原理结合在未解链的染色质大沟中,或者和解链的DNA链结合从而影响其转录。一般是指在lncRNA上游或者下游附近10kbp区域内的编码蛋白。 LncRNA...
我们需要注意的是,在我们进行Antisense关系研究时,要选择与mRNA在相反链并且配对结果较好的lncRNA进行后续的研究。 2.Cis关系 在动植物生长发育的研究中,例如:猪的脂肪性状相关lncRNA的研究,植物开花期调控机制的研究等,均会发现差异的lncRNA与mRNA存在cis相关关系。Cis关系指lncRNA(图1橙色)的功能与其邻近的蛋白编码...
需要注意的是,lncRNA的Trans作用靶基因预测只适合于样本量大的情况,如果样本量太少(如6个以下),分析将不可靠。 图4.lncRNA-mRNA共表达网络图分析示意图 3.3 LncRNAantisense分析 除了Cis作用和Trans作用调控,LncRNA参与调控许多转录后进程时,与miRNA和snoRNA等小RNA类似的,这些调控往往与碱基的互补配对有关。一部分...
有一类特殊lncRNA是由mRNA的antisense转录而来,而这种lncRNA对同源mRNA很有可能有调控作用,特别是转录后mRNA的稳定性。在这种情况下,首先得确认该lncRNA与mRNA之间的关系,然后去检测他们之间的表达相关性,最后去探究该lncRNA对mRNA转录表达和蛋白表达的影响。 #lncRNA研究中的常见问题 1.使用包含lncRNA和miRNA的芯片是...
在过去几年中,高通量转录组测序(High-throughput transc riptome sequencing)最大的发现之一莫过于在哺乳动物基因组中发现了一些功能各不相同的RNA[1]。除去那些由于转录起始位点(Transc riptional start sites)的改变以及终止子(Ternination)和可变剪切(Splicing)的变化之外,另一些新的反向序列(Antisense),基因内(In...
有一类特殊lncRNA是由mRNA的antisense转录而来,而这种lncRNA对同源mRNA很有可能有调控作用,特别是转录后mRNA的稳定性。在这种情况下,首先得确认该lncRNA与mRNA之间的关系,然后去检测他们之间的表达相关性,最后去探究该lncRNA对mRNA转录表达和蛋白表达的影响。
3.3 LncRNAantisense分析 除了Cis作用和Trans作用调控,LncRNA参与调控许多转录后进程时,与miRNA和snoRNA等小RNA类似的,这些调控往往与碱基的互补配对有关。一部分反义LncRNA可能因为与正义链的mRNA结合而调控基因沉默、转录及mRNA的稳定性。所以,LncRNA的antisense分析,可以利用软件(如RNAplex)预测反义LncRNA与mRNA之间的...
根据染色体上与编码基因的相对位置将lncRNA分为反义型(antisense lncRNAs)、内含子型(intronic lncRNAs)、反向型(divergent lncRNAs)、基因间型(intergenic lncRNAs)、启动子上游型(promoter upstream lncRNAs)、启动子型(promoter-associated lncRNAs)、转录起始位点型(tra...
一、 根据顺式(cis)和反式(trans)的作用模式来预测 RNA聚合酶(绿)转录得到一个与调控蛋白(紫)相关的LncRNA(红)从而影响附近区域的编码基因。 cis作用靶基因预测,认为LncRNA的功能与其坐标临近的蛋白编码基因相关,位于编码蛋白上下游的LncRNA可能与启动子或者共表达基因的其他顺式作用元件有交集,从而在转录或者转录...