不像起步很早的miRNA, lncRNA在最近十几年年才逐渐兴起,目前的现状是数据库很多,不同数据库对于lncRNA的命名方式不统一,这种混乱的命名模式,增加了研究的难度。 LNCipedia是一个综合性的人类lncRNA数据库,整合了多个数据库中,多篇文章中的lncRNA记录,并赋予了它们统一的ID, 网址如下 https://lncipedia.org/ ...
LNCipedia是一个公共数据库,用于存储较长的非编码RNA(lncRNA)序列和注释。 该数据库整合了多个人类(Human)lncRNA数据库信息,很大程度上解决了lncRNA数据库各自为政的问题。 整合的数据库包括LncRNAdb、Broad Institute、Ensembl、Gencode、Refseq、NONCODE、FANTOM,多篇文章中的lncRNA记录,并赋予了它们统一ID,同时还...
LNCipedia按照特定原则对lncRNA进行分类。例如，与蛋白编码基因同链且无交集的lncRNA归类为intronic，存在重叠的则为sense overlapping；与反向互补区存在交集的归类为antisense；与任何蛋白编码基因均无交集的lncRNA，若在转录起始位点上游1000bp范围内有编码基因转录起始位点，则归类为bidirectional，否则为interg...
LNCipedia:人类lncRNA数据库对于多种来源的lncrna去冗余之后赋予一个统一的id对于那些已经拥有了genesymbol的lncrna仍然采用genesymbol如果没有的话按照最近的蛋白编码基因来命名比如lncmycn1代表一个在mycn基因附近的lncrna如果多个lncrna使用了同一个参照的蛋白编码基因则用数字后缀来区分不同的lncrna基因 LNCipedia:...
https://lncipedia.org/ 该数据库中的lncRNA信息来源于以下几个数据库 LncRNAdb Broad Institute Ensembl Gencode Refseq NONCODE FANTOM 同时也包含了Nielsen,Hangauer等多篇文献中发现的lncRNA信息。 对于多种来源的lncRNA, 去冗余之后赋予一个统一的ID, 对于那些已经拥有了gene symbol的lncRNA, 仍然采用gene sym...
LNCipedia是一个综合性的人类lncRNA数据库,整合了多个数据库中,多篇文章中的lncRNA记录,并赋予了它们统一的ID, 网址如下 https://lncipedia.org/ 该数据库中的lncRNA信息来源于以下几个数据库 LncRNAdb Broad Institute Ensembl Gencode ...
LNCipedia是一个已注释的人类lncRNA转录本序列和结构数据库。把他导入UCSCGenome Browser的Track，将大大增加其完备性。工具/原料 电脑 方法/步骤 1 这就是UCSCGenome Browser默认的页面。2 请注意，这时的Tracks中的第一行是“Mapping and Sequencing”，还没有“LNCipedia”。3 接下来，从LNCipedia的官网（https...
https://lncipedia.org/ 该数据库中的lncRNA信息来源于以下几个数据库 LncRNAdb Broad Institute Ensembl Gencode Refseq NONCODE FANTOM 同时也包含了Nielsen,Hangauer等多篇文献中发现的lncRNA信息。 对于多种来源的lncRNA, 去冗余之后赋予一个统一的ID, 对于那些已经拥有了gene symbol的lncRNA, 仍然采用gene sym...
LNCipedia 5: towards a reference set of human long non-coding RNAs.doi:10.1093/NAR/GKY1031Pieter-Jan VoldersJasper AnckaertKenneth VerheggenJustine NuytensLennart MartensPieter MestdaghJo VandesompeleOxford Academic
https://lncipedia.org/ 该数据库中的lncRNA信息来源于以下几个数据库 LncRNAdb Broad Institute Ensembl Gencode Refseq NONCODE FANTOM 同时也包含了Nielsen,Hangauer等多篇文献中发现的lncRNA信息。 对于多种来源的lncRNA, 去冗余之后赋予一个统一的ID, 对于那些已经拥有了gene symbol的lncRNA, 仍然采用gene sym...