LncBase是一个专门记录lncRNA与miRNA相互作用的数据库,最新版本为v2, 网址如下 http://carolina.imis.athena-innovation.gr/diana_tools/web/index.php?r=lncbasev2%2Findex 分成实验证据支持和软件预测两部分结果,示意如下 实验证据支持的相互作用数据,主要是从文献中整理得到的结果,包括了qPCR, northern blot, repor...
LncBase: 一个预测人类miRNA 靶向lncRNA的网站 在构建ceRNA网络中,需要预测miRNA 靶向lncRNA。 我们可以采用targetscan, miRanda, RNAhybrid等软件进行预测,也可以采用在线的预测网站,今天就介绍一下LncBase。 1. 网站支持两种预测模式:基于实验验证的预测和电子预测两种模式 2. 使用比较简单:输入miRNA 和lncRNA的编号即...
其实熟悉lncbase v2数据库的小伙伴们可能发现了一个问题就是v2版本的数据库有两个入口进行lncRNA-miRNA的预测,包括Experimental Module及Predicted Module,可同时根据实验证据以及预测两种方法进行检索,而v3提供的均为有文献支持的lncRNA-miRNA对,因此如果大家想用生物信息学算法来预测两种分子是否有结合也可以考虑一下v2...
LncBasev3.0 是第一个采用稳健的剪贴画引导算法(Microclip)的 相关数据库,用于分析 236 个∼剪贴画库和目录中的 37 万个 miRNA 绑定事件。数据库是从头开始重新设计的,提供了新的功能。已知的 短变异信息,在>67,000 个实验支持的目标位点和不同细胞间隔中的 INcRNA 表达谱为用户服务。 交互式可视化图,描绘了...
Aim of DIANA-LncBase (www.microrna.gr/LncBase) is to reinforce researchers' attempts and unravel microRNA (miRNA)-lncRNA putative functional interactions. This study provides, for the first time, a comprehensive annotation of miRNA targets on lncRNAs. DIANA-LncBase hosts transcriptome-wide ...
These joys, however, with their attendant responsibilities
有非常多的文献报导指出,lncRNA可以作为miRNA sponge, 从而与miRNA发生相互作用。LncBase是一个专门记录lncRNA与miRNA相互作用的数据库,最新版本为v2, 网址如下 http://carolina.imis./diana_tools/web/index.php?r=lncbasev2%2Findex 分成实验证据支持和软件预测两部分结果,示意如下 ...
有非常多的文献报导指出,lncRNA可以作为miRNA sponge, 从而与miRNA发生相互作用。LncBase是一个专门记录lncRNA与miRNA相互作用的数据库,最新版本为v2, 网址如下 http://carolina.imis.athena-innovation.gr/diana_tools/web/index.php?r=lncbasev2%2Findex ...
The second version of LncBase (www.microrna.gr/LncBase) presents an extensive collection of miRNA:lncRNA interactions. The significantly enhanced database includes more than 70 000 low and high-throughput, (in)direct miRNA:lncRNA experimentally supported interactions, derived from manually curated ...