开发了新的Limited (or native) proteolysis-small molecule mapping(LiP-SMap)法用于研究小分子代谢物和蛋白之间的相互作用，并开始在全蛋白组水平上系统地分析和定量了蛋白与代谢物间的相互作用，并建立了它们之间的关系。
图2.代谢物与蛋白相互作用图(A:中心碳代谢网络图; B:基于LiP-SMap检测出的作用位点; C:1,678个LiP-SMap相互作用位点的得分分布; D:以GTP为代表的结合位点结构) 4. 代谢组学文献分享—代谢物和蛋白相互作用特征与新调节方式发现 通过分析代谢物敏感的蛋白与E.coli的“核心蛋白组”之间的关系发现,代谢物更倾向...
代谢组学文献分享,因此,Paola Picotti课题组利用代谢物与蛋白结合会引起蛋白质结构改变的特点,开发了新的Limited (or native) proteolysis-small molecule mapping(LiP-SMap)法用于研究小分子代谢物和蛋白之间的相互作用,并开始在全蛋白组水平上系统地分析和定量了蛋白与代谢物间的相互作用,并建立了它们之间的关系。 2...
代谢组学文献分享,因此,Paola Picotti课题组利用代谢物与蛋白结合会引起蛋白质结构改变的特点,开发了新的Limited (or native) proteolysis-small molecule mapping(LiP-SMap)法用于研究小分子代谢物和蛋白之间的相互作用,并开始在全蛋白组水平上系统地分析和定量了蛋白与代谢物间的相互作用,并建立了它们之间的关系。 2...
2. 代谢组学文献分享—LiP-SMap法技术路线与方法验证 如图1,与之前的Lip-SRM法[1,5]类似,首先在非变性的条件下提取蛋白质,然后将提取的蛋白分为两组,一组加入小分子代谢物,让其与蛋白质相互作用,另一组不进行任何处理;再加入广谱的蛋白酶K(PK)产生结构特异性蛋白片段;得到的特异片段再经序列特异性的Trypsin...
2.代谢组学文献分享—LiP-SMap法技术路线与方法验证 如图1,与之前的Lip-SRM法[1,5]类似,首先在非变性的条件下提取蛋白质,然后将提取的蛋白分为两组,一组加入小分子代谢物,让其与蛋白质相互作用,另一组不进行任何处理;再加入广谱的蛋白酶K(PK)产生结构特异性蛋白片段;得到的特异片段再经序列特异性的Trypsin酶...
1、有限蛋白水解(LiP) 有限蛋白水解(LiP)直接在微生物的全细胞裂解物(LiP- smap)中绘制代谢物结合蛋白。LiP是通过液相色谱-串联质谱(LC-MS)对配体结合产生的差异蛋白水解模式的全球检测来实现的。2、LiP-Quant LiP-Quant是一个基于机器学习的框架,该框架利用药物剂量滴定,识别小分子化合物靶点,并提供附加信息,包括...
LiP-MS方法包括两种实验设计:单剂量实验(LiP–SMap)和多剂量实验(LiP–Quant)。LiP–SMap主要用于系统性地检测代谢物与蛋白质的相互作用,适用于快速筛选和初步鉴定;而 LiP–Quant则通过多剂量实验结合机器学习框架,能够更精确地优先考虑小分子药物的真实蛋白质靶点,适用于深入研究和药物靶点验证。这两种方法相辅相成,...
六、利用LiP-SMap和分子对接技术鉴定THP的潜在靶标 研究者利用LiP-SMap和分子对接技术确定了3-羟基苯乙酮(THP)的潜在作用靶点。LiP-SMap筛选出THP可能直接作用的蛋白质,网络分析发现24个蛋白与Mapk3有相互作用。分子对接技术预测了THP与Mapk3蛋白的结合位点,显示THP与Mapk3蛋白特定氨基酸残基形成氢键和其他非共价相...
LiP–SMap主要用于系统性地检测代谢物与蛋白质的相互作用,适用于快速筛选和初步鉴定;而 LiP–Quant则通过多剂量实验结合机器学习框架,能够更精确地优先考虑小分子药物的真实蛋白质靶点,适用于深入研究和药物靶点验证。这两种方法相辅相成,为研究蛋白质-代谢物及蛋白质-药物相互作用提供了灵活且高效的工具。