linux使用mrbayes建树 命令简介 tree命令的中文意思为“树”,功能是以树形结构列出指定目录下的所有内容,包括所有文件、子目录及子目录里的目录和文件。 命令格式 tree [option] [directory] tree [选项] [目录] 说明: 1)注意tree命令以及后面的选项和目录,每个元素之间都至少要有一个空格 2)tree命令后若不接选...
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install cd src/ #使用多线程 mpirun -np 4 ./mb #使用conda进行安装 #软件依赖包比较多,最好创建一个单独的环境 mamba create -n mrbayes conda activate mrbayes mamba install -c bioconda mrbayes #官网的指导手册 #https://github.com/NBISweden/MrBayes/blob/develop/doc/manual/Manual_MrBayes_v3.2...
Mrbayes 构建系统发育树 官方教程 Mrbayes 接受的序列文件必须是nexus格式, 可以运行交互式命令,参考官方Manual中Chapter 2:A Simple Analysis # 安装 git clone --depth=1 https://github.com/NBISweden/MrBayes.git cd MrBayes mkdir…阅读全文 赞同5 6 条评论 分享收藏 funannotate 真...
wget https://github.com/NBISweden/MrBayes/archive/v3.2.7a.tar.gz #解压 tar zxvf MrBayes-3.2.7a.tar.gz cd MrBayes-3.2.7a/#配置变量,指定安装目录以及使用mpi./configure--with-beagle=no--with-mpi=yes--prefix=/home/biosoft/MrBayes-3.2.7a ...
官网:http://nbisweden.github.io/MrBayes/download.html 下载链接都是接到github上的。 GitHub - NBISweden/MrBayes at v3.2.7a 官方推荐的也是使用git clone git clone--depth=1https://github.com/NBISweden/MrBayes.git cd MrBayes./configuremake&&sudomakeinstall ...
(--inputOS) VAL : Input operating system (Linux, MacOS or Windows)...outputFormat) VAL : Output format (ALN, FASTA, GDE, MEGA, MSF, NEXUS , PHYLIP...-oo (--outputOS) VAL : Output operating system (Linux, MacOS or Windows.../output.nex -of NEXUS -op MrBayes -oo Linux # 运行...
使用awk好像有此功能可以截取特定的行 ^begin指的是以begin开头的行 一直到 ^end开头的行 awk "^begin","^end"{print $0} /path/file /path路径 /file即为文件名 如果想了解更多功能的话 百度awk吧呵呵
32 mrbayes-3.2.7-dev.tar.gz 11M drwxr-xr-x 42 kk staff 1428 Jun 10 13:26 src $ duls doc 7.0M drwxr-xr-x 8 kk staff 272 Jun 10 13:26 doc $ duls [bM]* 28K -rw-r--r-- 1 kk staff 24816 Jun 10 13:26 Makefile 4.0K -rw-r--r-- 1 kk staff 75 Jun 9 16:03 Make...