升级一下R至3.5，用最新的bioconductor安装包试试 https://bioconductor.org/packages/release/bioc/html...
source("http://bioconductor.org/biocLite.R") biocLite("affy") biocLite("Biobase") biocLite("tkWidgets") library(affy) AffyData<-ReadAffy(widget=TRUE) exprsSet.RMA<-rma(AffyData)##用rma方法处理数据 exp.RMA<-exprs(exprsSet.RMA)##exprsSet.MAS5<-mas5(AffyData)##用mas5方法处理数据 ...
我们的DGEList对象中的第二个数据框名为genes,用于存储与计数矩阵的行相关联的基因水平的信息。 为检索这些信息,我们可以使用包含特定物种信息的包,比如小鼠的Mus.musculus(Bioconductor Core Team 2016b)(或人类的Homo.sapiens(Bioconductor Core Team 2016a));或者也可以使用biomaRt 包(Durinck et al. 2005, 2009)...
老师，请问您是如何用limma包去筛选差异表达基因的，现在真的很需要您的帮助
Bioconductor包注释GEO芯片 11:30 GEO芯片+ArrayExpress芯片数据批量下载(R语言) 10:30 如何构建python包下载ArrayExpress芯片数据 16:07 Arraysexpress数据库芯片检索和下载 11:39 GEO数据库+ArrayExpress数据库测序芯片挖掘--如何自己构建Python包完成多中心芯片批量下载 24:34 GEO数据库+ArrayExpress数据库测序芯片...
#方法1 BioconductorR包 gpl #http://www.bio-info-trainee.com/1399.html if(!require(hgu133plus2.db))BiocManager::install("hgu133plus2.db") library(hgu133plus2.db) ls("package:hgu133plus2.db")#表示看看这个R包里有哪些函数 ids <- toTable(hgu133plus2SYMBOL) ...
收藏limma转录组定量中文操作指南 group和la
Error: Bioconductor version cannot be validated; no internet connection? In addition: Warning messages: 1: In library(package, lib.loc = lib.loc, character.only = TRUE, logical.return = TRUE, : there is no package called ‘GSEABase’ ...
这篇推文里,我们缩减了一下教程原文,简单地介绍了RNA-seq差异表达分析的数据整合、数据预处理、差异表达分析、热图和MD图的绘制以及camera基因集检验。如果想要进一步学习,更推荐大家查看教程的原文(戳“阅读原文”即可访问)。如果在学习的过程中遇到任何问题,都可以在Bioconductor support论坛提问。
软件包: r-bioc-limma (3.62.2+dfsg-1) [universe] linear models for microarray data 其他与 r-bioc-limma 有关的软件包 下载r-bioc-limma 硬件架构软件包大小安装后大小文件 amd641,922.4 kB2,777.0 kB[文件列表]