8️⃣ 多图比较:如果你有多个结构相似的蛋白质与同一配体结合的数据,LigPlot+ 可以生成多个图表并将它们叠加在一起,以便于比较和分析。9️⃣ 3D视图:LigPlot+ 还可以链接到 PyMOL 或 RasMol 等分子可视化软件,以提供相互作用的3D视图。通过这些功能,LigPlot+ 提供了一个强大的工具来分析和展示蛋白质-配体...
LigPlot是EMBL-EBI开发的软件,用于以2D方式展示分子对接结果,LIGPLOT,绘制蛋白质和小分子之间的相互作用;DIMPLOT,绘制蛋白之间的相互作用;Antibody plot,绘制抗原抗体之间的相互作用。其余软件还有PLIP和PoseViewer,我后续再补上。 1,使用edu邮箱申请(https://www.ebi.ac.uk/thornton-srv/software/LigPlus/applicence....
解压LigPlus.zip到C:\,官方教程提到如果解压到C:\Program Files会造成一些问题。进入C:\LigPlus\LigPlus,双击cLigPlus.bat。注意:如果双击cLigPlus.bat打不开软件的话,可以用cmd或者powershell进入软件安装路径,然后运行java -jar LigPlus.jar另外还可以进行如下图所以设置,便于使用: Linux: 进入安装包所在路径后,解...
LigPlot+是一款基于Java界面运行的2D分子间相互作用图绘制软件，主要用于分析蛋白-氨基酸的相互作用，如氢键、疏水作用等，也可分析复合物之间或单个分子内部的作用力。用户需先在后台回复关键词“JAVA”以获取Java软件安装包，然后在官网进行LigPlot+的安装。在安装过程中，用户需注意填写教育邮箱（edu）以获...
LigPlot+是一款基于java界面运行的2D分子间相互作用图绘制软件,分析蛋白-氨基酸的相互作用(氢键、疏水作用),LigPlot+软件也可以分析复合物之间或者单个分子内部的作用力。 本文将简述LigPlot+的安装,后续会陆续推出该软件相关的功能介绍。 注意:(1)JAVA软件安装包---后台回复JAVA (2)LigPlot+安装问题,后台提问问题。
使用LigPlot+，首先需定义路径及目录，操作路径位于菜单栏的Edit-Program paths选项。接着，通过File-Open-Browse功能载入分析对象，例如蛋白-蛋白复合物，选择“DIMPLOT”，软件将自动识别并展示复合物的结构。生成相互作用图的过程通过点击“Run”按钮完成，图中的水平虚线标记了相互作用界面。为了提升图形...
分子对接 二维可视化软件 ligplot 的下载安装与使用 链接:https://pan.baidu.com/s/1483MhfehugI8u0lNqRtu1Q, 视频播放量 27000、弹幕量 10、点赞数 375、投硬币枚数 197、收藏人数 1136、转发人数 313, 视频作者 甜橙zzz, 作者简介 网络药理学、分子对接相关内容分享,155
ligplot是免费、开源的分子显示软件,可以显示分子间氢键、疏水作用。 安装--Linux 解压至/usr/local/ 形成目录/usr/local/ligplot 定义环境变量及路径: export ligdir=/usr/local/ligplot export hbdir=/usr/local/ligplot PATH=$PATH:$ligdir:$hbdir ...
在Edit->程序路径中，添加Rasmol和pymol的安装位置，这两款软件需要提前安装，Rasmol是免费的。保存设置后，重新执行File->打开->PDB文件，选择配体，执行运行操作。可以看到右下角有两个选项。点击RasMol，可以看到配体及其周围残基被标记出来，并显示距离信息。如果需要保存ligplot，执行File->写入PS文件...
Ligplot配体无法识别的原因 Ligplot配体无法识别的原因是由于配体的结构不符合Ligplot的要求。Ligplot只能识别符合SMILES格式的配体，而SMILES格式的配体必须是经过结构优化的，否则Ligplot无法识别。解决方法 解决方法是：1. 首先，使用计算机软件对配体进行结构优化，以确保配体的结构符合SMILES格式的要求。3. ...