LigPlot+ 是一款专为蛋白质与配体相互作用分析设计的软件,它提供了一个直观的 Java 界面,用户可以通过鼠标点击和拖动来编辑图表。以下是阅读和理解 LigPlot+ 结果的一些关键点:1️⃣ 图表组成:LigPlot+ 生成的图表中,蛋白质和配体之间的相互作用,如氢键、疏水作用等,会被可视化展示。氢键通常用虚线表示,疏水作...
1️⃣ 输入文件:LigPlot通常接受.pdb格式的文件作为输入文件,这些文件包含了生物大分子和小分子的三维结构信息。2️⃣ 氢键表示:LigPlot能够自动识别并表示分子间的氢键,并显示氢键供体和氢键受体原子之间的距离等。3️⃣ 疏水相互作用:LigPlot可以识别疏水性残基,并展示小分子与这些疏水性口袋之间的相互作用...
LigPlot安装教程(附安装包下载)包子软件安装 立即播放 打开App,流畅又高清100+个相关视频 更多 3122 4 01:51 App SPSS安装包下载安装激活教程(附安装包)SPSS27下载安装教程,SPSS最新版,SPSS激活(永久激活) 3554 3 02:07 App spss27安装包免费下载与详细激活安装教程,spss27安装包下载,spss27安装教程,附...
LigPlot用于绘制蛋白配体相互作用的睫毛图,比较适合蛋白和蛋白的相互作用绘图,这方面目前可替代的软件很少。 官网LigPlot+ home page 首先获得一个学术许可。 只要填了edu邮箱,就可以立即收到带密码的邮件。 然后下载,得到一个压缩包。 把这个压缩包解压,但是不要解压到C:\Program Files,其他地方都可以。 解压后直...
数据输入:LigPlot需要知道蛋白质和配体的结构信息。这些信息通常来自于实验测定,比如X射线晶体学、核磁共振等方法得到的蛋白质和配体的三维结构数据,这些数据会以特定的文件格式(如PDB文件)输入到LigPlot中。 识别相互作用。 氢键识别:LigPlot会查看蛋白质和配体中原子的位置和化学性质,寻找能够形成氢键的原子对。氢键是...
先申请academic license,之后安装ligplot+,一定安装在C盘,否则dipmlot和antibody plot可能会load不出来。 Edit--> program path里,添加Rasmol和pymol的位置(这两个软件需要提前安装,rasmol是免费的) Sav…
LigPlot是EMBL-EBI开发的软件,用于以2D方式展示分子对接结果,LIGPLOT,绘制蛋白质和小分子之间的相互作用;DIMPLOT,绘制蛋白之间的相互作用;Antibody plot,绘制抗原抗体之间的相互作用。其余软件还有PLIP和PoseViewer,我后续再补上。 1,使用edu邮箱申请(https://www.ebi.ac.uk/thornton-srv/software/LigPlus/applicence....
Win: 需要先现在并安装JRE(https://www.oracle.com/java/technologies/)。解压LigPlus.zip到C:\,官方教程提到如果解压到C:\Program Files会造成一些问题。进入C:\LigPlus\LigPlus,双击cLigPlus.bat。注意:如果双击cLigPlus.bat打不开软件的话,可以用cmd或者powershell进入软件安装路径,然后运行java -jar LigPlus.jar...
百度文库 期刊文献 会议ligplot用法LIGPlot是一种用于绘制配位化合物和金属有机框架(MOFs)结构的图形工具,通过输入结构文件,可以生成直观的2D和3D图形。©2022 Baidu |由 百度智能云 提供计算服务 | 使用百度前必读 | 文库协议 | 网站地图 | 百度营销 ...
通过LigPlot 软件制作蛋白质分子与配体分子相互作用图像,点击菜单栏“File-Open-PDB file”打开PDB文件打开窗口。(获取LigPlot安装包和手册,可加入“模拟之家”QQ群(709020941),在群文件处获取。) 在PDB打开窗口中输入4位数的pdb编码,在点击“OK”之后,程序会自动根据之前设置的路径去寻找pdb文件,查找的顺序会依据设...