第一个参数,tt.bed,就是bed文件,根据map生成的bed文件 第二个参数,是根据liftOver网站,下载的压缩文件,是对应关系,网址:https://hgdownload.soe.ucsc.edu/goldenPath/galGal5/liftOver/ 第三个参数,是输出的结果文件 第四个参数,是没有匹配的结果文件 结果会输出成功转换的位点,和没有转换的位点。 为了方便我...
liftOvertt.bedgalGal6ToGalGal5.over.chain.gzre_map.bedre_un_map.bed •第一个参数,tt.bed,就是bed文件,根据map生成的bed文件 •第二个参数,是根据liftOver网站,下载的压缩文件,是对应关系,网址:https://hgdownload.soe.ucsc.edu/goldenPath/galGal5/liftOver/ •第三个参数,是输出的结果文件 •第...
我需要将小鼠的vcf文件,从mm10转换到GRCh39,下载00-All.vcf.gz 和mgp.v5.merged.indels.dbSNP142.normed.vcf.gz http://ftp.ncbi.nih.gov/snp/organisms/archive/mouse_10090/VCF/00-All.vcf.gz ftp://ftp-mouse.sanger.ac.uk/REL-1505-SNPs_Indels/mgp.v5.merged.indels.dbSNP142.normed.vcf.gz -...
在进行LiftOver时,有一点需要我们注意,那就是文件中变异位点起始的编号,是基于0还是基于1的。 因为UCSC 使用基于0的坐标系统,而 Ensembl 等使用基于1的坐标系统,不同工具切换时应该注意这一不同。 除此以外,一些文件格式是基于1的(GFF, SAM , VCF),而另一些是基于0的(BED,BAM),不同文件间转换时也需要注意。
2.输入文件:准备两个参考基因组文件,一个是源参考基因组(如 HG19),另一个是目标参考基因组(如 HG38)。还需要准备一个包含原始基因型数据的文件(如 Vcf 格式)。 3.运行 liftover:在命令行界面中,切换到 liftover 的安装目录,运行以下命令: liftover -i input_vcf -o output_vcf -s source_genome -t targ...
2. LiftOver运行(以1000 Genomes Project Phase 3 数据“ALL.chr10.phase3_shapeit2_mvncall_integrated_v5b.20130502.genotypes.vcf.gz”为例) # 整理成LiftOver的输入格式 $ bcftools query -f '%CHROM\t%POS\n' ALL.chr10.phase3_shapeit2_mvncall_integrated_v5b.20130502.genotypes.vcf.gz | awk '{...
当我们对vcf的数据标准化，往往会涉及hg19向hg38坐标的转换。 使用的工具基本是 liftOver 输入也很方便：由于bed文件是0-based的所以不支持单一位置。但是我的问题是 既然要求的输入是bed格式，那坐标到底是以0为首位还是以1呢？ 因为这涉及到我转换的方式：所以我进行了如下测验：可以看出使用...
应用领域:不同参考基因组call snp的vcf数据,可以通过这种方式转换为同一基因组版本,然后合并。有些芯片设计时是不同的基因组版本,也可以通过这种形式,进行转换,然后合并。 2. liftOver软件下载 网址:http://hgdownload.cse./admin/exe/ 有苹果系统和Linux系统,这里以Linux系统为例进行介绍。
VCFformat. 三、运行程序 找到你的crossmap安装目录,根据你的安装命令来的! 我的程序在/home/jmzeng/.local/bin 里面,直接可以使用 根据下面的例子,自己修改就可以了,程序用全路径调用,然后写明是什么文件格式,然后列出chain文件的地址,然后input和output即可 ...
liftOver转换坐标并保留bed文件所有信息 当我们有一套这样的数据,并且想进行坐标转换的时候: 运行如下代码: 代码语言:javascript 复制 liftOver human.bed~/liftover/hg19ToHg38.over.chain.gz human_hg38.bed unmap 这里会报错: Reading liftover chains Mapping coordinates invalid signed integer: "+"...