1.liftover的安装 1wget http://hgdownload.cse.ucsc.edu/admin/exe/linux.x86_64/liftOver 2.坐标注释文件下载 hg38Tohg19注释文件: 1wgethttp://hgdownload.cse.ucsc.edu/goldenPath/hg38/liftOver/hg38ToHg19.over.chain.gz hg19Tohg38注释文件: 1wgethttp://hgdownload.cse.ucsc.edu/goldenPath/hg19/l...
Liftover是一个用于基因组坐标转换的工具。它可以将一个基因组的坐标转换到另一个基因组的坐标,比如将人类基因组的坐标转换为小鼠基因组的坐标。Liftover广泛应用于基因组研究和生物信息学领域。 2. 安装 Liftover是一个命令行工具,可以在Linux、Mac和Windows系统上运行。安装Liftover非常简单,只需按照以下步骤操作: 1...
在线版liftover可以进行相同物种不同版本基因组间的转换,也可以进行不同物种间的转换。 本地版 本地版的liftover只能在linux系统中以命令行的形式运行。 下载地址与安装 wget http://hgdownload.soe.ucsc.edu/admin/exe/linux.x86_64/liftOver #下载liftover chomd +x ./liftover #更改下载的liftover的执行权限 wg...
1.安装 Liftover:Liftover 支持多种操作系统,包括 Windows、macOS 和 Linux。用户可以根据自己的操作系统选择相应的安装包进行安装。 2.选择目标存储库:Liftover 支持多种数据库格式,如 MySQL、PostgreSQL、SQLite 等。用户需要根据自己的需求选择合适的目标存储库,并确保目标存储库已经正确安装和配置。 3.准备数据源:数...
liftover的url:http://hgdownload.soe.ucsc.edu/admin/exe/linux.x86_64/liftOver 下载完成后添加到环境路径中,并通过chmod +x 添加执行权限,然后在命令行中输入liftOver验证是否安装成功:(如果成功会有如下界面) liftOver主要语法如下: liftOver <输入文件> <chain文件> <输出文件> <unmapped文件> ...
点进去,就进到了gzstream的repo。巧的是,我之前正是根据这个repo的readme在linux上安装了gzstream库。 确实有这个文件。在repo里藏着别的repo,第一次见,有点神奇。 拉下来安装试一下。 $ git clone https://github.com/jeremymcrae/liftover.git
1.安装环境 Linux Ubuntu 2.工具下载 我下载的是linux.x86_64版本的,其他版本地址见The UCSC Genome Browser and Blat software wget[http://hgdownload.cse.ucsc.edu/admin/exe/linux.x86_64/liftOver](http://hgdownload.cse.ucsc.edu/admin/exe/linux.x86_64/liftOver) ...
niceLiftOver 是的包装脚本()。 必须安装liftOver并将其添加到您的 PATH。 安装 niceLiftOver 最好在添加到PATH环境时使用。 它适合与环境模块一起使用。 如果您不使用环境模块,则可以通过将以下内容添加到主目录中的.bashrc文件来安装 niceLiftOver: export P ...
一、程序安装 http://iweb.dl.sourceforge.net/project/crossmap/test.hg19.zip https://sourceforge.net/projects/crossmap/files/CrossMap-0.2.2.tar.gz/ 直接wget到linux系统即可,解压之后就能看到该程序,是基于Python的,所以安装方式跟Python模块一样!
复制 sed-i's/\t/:/g'human.bed sed-i's/ /#/g'human.bed liftOver human.bed~/liftover/hg19ToHg38.over.chain.gz human_hg38.bed unmap 替换之后文件如下: 这样就可以运行liftOver了,最后得到转换过的坐标文件之后,将:和#再替换回来即可。