也可以使用源码进行安装, 安装这个包需要C核心库igraph和python包python-igraph,然后可以通过python setup.py test安装不建议Windows,使用源代码进行安装。介绍leidenalg软件包建立在igraph基础之上,有助于网络的社区发现。 leiden是大型网络中社区发现方法的通用算法。
如果你使用的是 Python 3,并且系统中同时安装了 Python 2,你可能需要使用 pip3 而不是 pip: bash pip3 install leidenalg 确认Python环境配置正确: 确保你正在使用的 Python 环境(如虚拟环境)已正确激活,并且 pip 安装命令是在该环境中执行的。你可以通过运行 which python(在 Unix-like 系统上)或 where py...
Implementation of the Leiden algorithm for various quality functions to be used with igraph in Python. - leidenalg/python_partition_interface.h at master · vtraag/leidenalg
虽然Leiden 是 Louvain的优化版本,但不建议在R平台下链接python的 Leiden,实测使用 5w细胞数时该算法会抛出异常long vectors not supported yet: ../../src/include/Rinlinedfuns.h:537。 测试代码 ### Prepare env pacman::p_load(Seurat,dplyr) reticulate::use_python(system("which python", intern = T...
您可以從以下任意站台的pool/universe/p/python-leidenalg/子目錄中下載所需的文件: 注意: 某些瀏覽器需要您明確告訴它們,您僅僅是想保存這些文件,並非檢視或執行它們。對於 Firefox 或者 Mozilla ,您可能需要在按住 Shift 鍵的同時點擊上面的 URL 超連結。
1回答 如何从python图中的.gml文件中创建加权图 、、、 我有一个.gml文件(或graphML),它包含我的节点和边缘的详细信息。我是通过以下代码在python中导入图形的,并使用igraph:我在我的.gml文件中给出了边的值:[target0]graph directed 0 浏览3提问于2014-02-16得票数 1 回答已采纳 1回答...
Build the Python interface usingpython setup.py buildandpython setup.py install, or usepip install . You can check if all went well by running a variety of tests usingpython -m unittest. Troubleshooting In case of any problems, best to start over with a clean environment. Make sure you re...
liblibleidenalg1(= 0.11.1-2build2) implementation of the Leiden algorithm in C++ - library liblibleidenalg-dev のダウンロード アーキテクチャパッケージサイズインストールサイズファイル amd6411.4 kB64.0 kB[ファイル一覧] arm6411.4 kB64.0 kB[ファイル一覧] ...
Leidenalg可以通过pip进行安装,这是Python的包管理工具。打开终端或命令提示符,输入以下命令: pip install leidenalg 这将会从Python包索引(PyPI)下载并安装Leidenalg及其所有依赖项。 常用接口 Leidenalg库的核心功能是通过find_partition函数来找到网络的社区。这个函数接受一个网络的邻接矩阵作为输入,并返回一个社区的分配...
(2)分区的细化(3)基于精炼分区的网络聚合,使用非精炼分区为聚合网络创建初始分区。 迭代步骤,直到收敛为止。 有关该算法的详细信息,请参阅 Traag,Waltman,van Eck。 Sci Rep 9,5233(2019)。 有关使用python绑定的C ++的原始实现,请参见: : 安装 要从安装稳定版本,请使用: install.packages( ' leid...