Step 2: Computing LD scores with an annot file. 第二步,使用注释文件计算LD分数 参考 目录 基于PLINK文件计算LD分数 LD分数文件格式用于LDSC-SEG的分层LD分数的计算 有很多时候没有现成的LD分数参考,而需要我们自己根据手头基因型数据而计算LD分数(例如一个常用的例子是GWAS数据与scRNA数据的结合 - 使用自己的...
#以上述5组数据中的Cahoy数据为例: cts_name=Cahoy #下载对应的LD分数文件 (EUR) #组织、细胞特异LD分数 wget https://data.broadinstitute.org/alkesgroup/LDSCORE/LDSC_SEG_ldscores/${cts_name}_1000Gv3_ldscores.tgz #基线模型文件wget https://data.broadinstitute.org/alkesgroup/LDSCORE/1000G_Pha...
用于LDSC-SEG的分层LD分数的计算 有很多时候没有现成的LD分数参考,而需要我们自己根据手头基因型数据而计算LD分数(例如一个常用的例子是GWAS数据与scRNA数据的结合 – 使用自己的scRNA数据提取特征基因后计算LD分数并进行partitioned LD 分数回归以检测细胞特异性)。 本文将简要介绍如何计算 单变量的LD分数 以及分层的...
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#组织、细胞特异LD分数 wget https://data.broadinstitute.org/alkesgroup/LDSCORE/LDSC_SEG_ldscores/${cts_name}_1000Gv3_ldscores.tgz #基线模型文件 wget https://data.broadinstitute.org/alkesgroup/LDSCORE/1000G_Phase3_baseline_ldscores.tgz #权重文件 wget https://data.broadinstitute.org/alkesgr...