交集中原子数量N为1,说明被选中的原子既位于top区域,类型也是Si,选择成功。 关键代码如下: units metal atom_style atomic boundary p p p timestep 0.001 neighbor 2 bin neigh_modify every 1 delay 0 check yes read_data all.data region top block INF
在新版的lammps命令中,set命令有了较多的扩展,比如可以对group和region进行原子类型的替换。 因此,本文汇总最新的set替换命令,以供参考。 初始结构文件: (1)按类型替换 set type 1 type/fraction 2 0.5 12393 把50%的type 1替换为type2 也可以写成 set type 1 type/ratio 2 0.5 12393 (2)按数量替换 set ...
1. LAMMPS轨迹文件是记录了分子动力学模拟中每个时间步的原子位置信息的文本文件。 2. 每行代表一个原子的位置信息,通常包括原子类型、坐标等信息。 3. 原子类型是区分不同种类原子的重要属性,在模拟过程中具有重要意义。 三、加入原子类型的方法 1. 打开轨迹文件 在使用任何文本编辑器(如Notepad++、Sublime Text等...
LAMMPS是一种分子动力学模拟软件,用于模拟原子和分子之间的相互作用。在计算模拟过程中,经常需要对系统进行分块,以便在不同区域中进行特定类型原子的计数。本文将介绍如何在LAMMPS中进行分块操作,并计算每块中特定类型原子的个数。 在LAMMPS中,可以使用`region`命令定义一个区域。区域可以是正方体、立方体、球体等形状。
我利用MS建立了水在铁表面的模型,并导出data文件,但发现文件里H, O的原子类型分别有两种,而且H.O的atom ID也不符合Lammps的要求, Lammps要求1个O后面跟2个H,但我的data文件中H,O的atom ID并不是按照这个规律来的,请问大神,这种情况怎么处理啊?万分感激!
得到的原子输出顺序都是混乱的，一会儿输出第1类原子，一会儿又输出第2类原子。如何能够让LAMMPS先输出...
在lammps模拟中,有时需要设置固定层,为了能够清楚的显示固定层,要把固定层原子设定为不同颜色,如下图所示。 解决的方法有两种,最简单的一种方法是使用create_atoms时选择和基体原子不一样的原子类型。 如果晶体结构是通过其他建模软件生成,直接由data文件读入,那么,刚才那种方法就不适用了。
在lammps模拟中,若要计算每一块内某一类型原子的个数,可以采用“compute chunk/atom”命令进行分块,并结合其他计算命令进行操作。 “compute chunk/atom”命令的作用是按照规定的样式将材料划分为若干小块,可沿着某一方向划分,也可沿着多个方向划分。形状可为长方块,也可沿着轴向划分为“壳层”块。 以统计区域内气...
它可以用于模拟各种类型的原子、分子和颗粒系统。LAMMPS能够高度并行化,可以在大规模并行计算机系统上运行。 在LAMMPS中,系统可以被分割成多个小块进行计算。这有助于并行化计算并提高模拟的效率。当系统被分块后,我们可以通过使用LAMMPS命令来计算每一块内某一类型原子的个数。 要计算每一块内某一类型原子的个数,...
在lammps模拟中,有时需要设置固定层,为了能够清楚的显示固定层,要把固定层原子设定为不同颜色,如下图所示。 解决的方法有两种,最简单的一种方法是使用create_atoms时选择和基体原子不一样的原子类型。 如果晶体结构是通过其他建模软件生成,直接由data文件读入,那么,刚才那种方法就不适用了。