26. ERROR: Illegal pair_coeff command (../pair_table.cpp:334) Last command: pair_coeff 3 1 test.txt CN 用了pair_coeff指定每个原子对之间的力,结果报错 Illegal pair_coeff command,明明没有违反语法,而且在自己电脑上跑的也没问题,一放超算上就报错。 这里在于,pair_coeff i j ffield label这个命...
势函数的具体类型确定后,不同类型原子的势函数具体参数由pair_coeff命令设置,也可以由read_data命令和read_restart命令进行文件读入。 pari_style命令一般会设置一个全局的截断半径,全局的截断半径是可以被pair_coeff命令中的截断半径重新覆盖的。在一个in文件里再次使用pair_style会抹去之前设置的所有pair_style和pair_...
# The dynamicviscosityis set to 1.0e-3 Pa s, corresponding to a kinematic viscosity of 1.0e-6 m^2/s pair_style hybrid sph/taitwater/morris pair_coeff * * sph/taitwater/morris 1000 0.1 1.0e-3 6.5e-5 pair_coeff 2 3 none # exclude interaction between walls and shear driver 计算能量。
在手册中看到，pair_coeff后面I、J代表原子类型，这种形式：* n是不是可以解释为从1到n都是这种对势...
pair_style style args style可取:none/hybrid/coul/cut... args:特点style需要设置args 使用介绍 定义模拟过程中原子间对相互作用的类型。可以通过pair_coeff命令指定相关的系数。 默认设置 pair_style none 2.8bond_style命令 使用语法 bond_style style args ...
Pair-coeff: 模拟参数 Neighbor Neighbor 是定义 Neighbor skin style Skin 为 Style 可取 bin、nsq、multi Neighbor-modify: Group: Timestep: Timestep 是定义模拟的时间步长。 Timestep dt Dt 为时间步长(时间单位),默认为 1ps Reset-timestep: Fix ...
力场系数可以通过这些命令定义: pair_style , pair_coeff , bond_coeff , angle_coeff 等。 各种模拟参数由这些命令设置: neighbor, group, timestep, reset_timestep , run_style , min_style. fix命令是lammps中很重要的一个命令, 它包括很多子命令, 对体系施加一系列的约束条件,选择系综等等. 设定 lammps...
15.pair_coeff命令 16.bond_coeff命令。 17.angle_coeff命令。 18.dihedral_coeff命令。 19.improper_coeff命令。 20.持续更新 分子动力学的基本任务就是获得研究对象不同时刻的位置和动量,然后基于统计力学知识获得想要的物理量,解释对象的性质和行为。因此,分子动力学的模拟流程超级简单。
8pair_style tersoff #作用势类型,我们的仿真系统为Si, 所以用Tersoff三体作用势 9pair_coeff * * SiC_Lindsay.tersoff Si Si # 所用势的具体参数 10## 定义不同的group,后面的仿真中可能会对不同group进行不同的操作 11group left_end id <> 1 288 # 我们将输入文件中ID 为1到288 号之间的原子定义成...
10、过paircoeff,bondcoeff,anglecoef命来加上小数目的力场参数。对于分子体系或更复杂的模拟体系,我们通常会用其它工具来创建或者是转换LAMMPS输出文件来做到这些事情。有的还会写一些自已的代码来完成这项任务。对于一个复杂的分子体系(如,蛋白质),我们需要为之提供上面个拓朴信息与力场参数。所以我们建议用CHARMM或AMB...