morse力场函数公式为: 我们在使用morse力场时,需要设定4个参数,分别为:D0、a、r0、cutoff。 morse力场使用方法: pair_stylemorsecutoffpair_coeff**D0ar0[cutoff] 例如: pair_stylemorse2.5pair_coeff**100.02.01.5 或者: pair_stylemorse2.5pair_coeff**100.02.01.5pair_coeff11100.02.01.53.0 最后一句命令表示原子...
我们在使用morse力场时,需要设定4个参数,分别为:D0、a、r0、cutoff。 morse力场使用方法: pair_style morse cutoff pair_coeff * * D0 a r0 [cutoff] 1. 2. 例如: pair_style morse 2.5 pair_coeff * * 100.0 2.0 1.5 1. 2. 或者: pair_style morse 2.5 pair_coeff * * 100.0 2.0 1.5 pair_coeff...
在in文件中使用lj/cut,需要明确的指定相互作用的原子类型,如: pair_stylelj/cut10pair_coeff**0.023.12pair_coeff130.033.228.5 上面两句指定全部原子之间的lj/cut力场,截断半径为10,epsilon=0.02、sigma=3.12,1和3原子截断半径为8.5,epsilon=0.03、sigma=3.22。 2. lj/cut在data文件中使用方法 在data文件中,只...
在LAMMPS输入文件中,可以使用"pair_style"和"pair_coeff"命令定义键角的势函数和参数。 例如,我们可以将石墨烯晶胞文件命名为"graphene.data",在输入文件中添加以下命令来定义键角: ``` # Define the potential and parameters for the bond angle pair_style morse pair_coeff * * D a r0 # Define the ...
15.pair_coeff命令 16.bond_coeff命令。 17.angle_coeff命令。 18.dihedral_coeff命令。 19.improper_coeff命令。 20.持续更新 分子动力学的基本任务就是获得研究对象不同时刻的位置和动量,然后基于统计力学知识获得想要的物理量,解释对象的性质和行为。因此,分子动力学的模拟流程超级简单。
pair_coeff 1 3 morse 2.423 2.555 2.522 #界面间 pair_coeff 2 3 morse 1.549 1.983 2....
我们需要为LAMMPS输入一系列的原子类型,原子坐标,分子拓朴信息和所有原子与键的力场参数。LAMMPS不会自动的为我们创建分子体系与力场参数。对于原子体系,LAMMPS提供了creat-atoms命令来为固态晶格加上原子。可以通过pair coeff,bond coeff, angle coeff等命令来加上小数目的力场参数。
在LAMMPS中,可以使用多种势能库来计算原子之间的相互作用力,如Morse势、Lennard-Jones势等。对于O型裂纹的模拟,我们可以选择使用Morse势作为相互作用力,使用“pair_style”和“pair_coeff”命令来定义势能库。 4. 运行模拟 在完成输入文件和势能库的定义后,我们可以运行模拟了。使用“run”命令可以指定模拟的时间和步长...
3 力场（命令：pair style, bond style, angle style, dihedral style, improper style, kspace style）对相互作用势： Lennard-Jones, Buckingham, Morse, Born-Mayer-Huggins, Yukawa, soft, class 2 (COMPASS), 氢键, tabulated（表格）带电对相互作用势：Coulombic, point-dipole.多体作用势：EAM, Finnis/...
可以通过pair coeff,bond coeff, angle coeff等命令来加上小数目的力场参数。对于分子体系或更复杂的模拟体系,我们通常会用其它工具来创建或者是转换LAMMPS输出文件来做到这些事情。有的还会写一些自已的代码来完成这项任务。对于一个复杂的分子体系(如,蛋白质),我们需要为之提供上面个拓朴信息与力场参数。所以我们建议...