fix 1 np rigid/npt molecule temp 300 300 100 iso 50 50 1000 对于刚体内部的各个原子,由于彼此之间并不发生相对运动,因此可以通过neigh_modify exclude、delete_bonds等命令将相互作用消除,以节省计算资源。另外,需要强调的是,fix rigid系列命令在进行刚体约束时,本身也负责动力学方程的积分,因此不能与动力学积分...
在有些lammps模拟中,需要把部分原子组设为刚体,如纳米切削过程中,可把刀具设为刚体。 被设为刚体的原子组结构不发生变化,因此,可通过neigh_modify exclude命令取消刚体内部原子之间相互作用力,以节省计算资源,加快计算速度。 在lammps中,设置刚体的命令为fix rigid。例如,把刀具tool设为刚体,命令为: fix 1tool rigid...
clump5neigh_modifyexcludegroupclump6clump6neigh_modifyexcludegroupclump7clump7neigh_modifyexcludegroupclump8clump8neigh_modifyexcludegroupclump9clump9#每100步在屏幕上输出默认的热力学信息thermo100#每50步保存一次坐标文件dump1allatom50dump.xyz#步长为0.0001timestep0.0001#运行10000步run10000 模拟效果如图:...
若裂纹所在的两个区域的原子类型为2与3,则neigh_modify exclude type 2 3可以直接产生裂纹 E.G. neigh_modify every 2 delay 10 check yes page 100000 neigh_modify exclude type 2 3 neigh_modify exclude group frozen frozen check no neigh_modify exclude group residue1 chain3 neigh_modify exclude mole...
由于墙原子之间没有相对运动,因此建议使用neigh_modify exclude命令排除墙原子之间的相互作用。软墙则是允许发生一定形变的墙,根据允许的形变方式和程度不同,软墙并没有固定的实现范式。一个简单的方法是使用fix spring/self命令使墙原子可以在自身初始位置附近做小幅振动。另一个较为通用的方法是先构建一个零温绝对...
neigh_modifyexcludegroupgroup_1group_2 1. group_1和group_2为两个group id。 如裂纹可扩展中,裂纹两侧的原子可设为left_upper,left_lower两个组,排除两组之间的受力: neigh_modifyexcludegroupleft_upperleft_lower 1. 排除原子之间的受力,在不影响结果的情况下,能够加快模拟运算速度,在某些模拟中还是有必要...
其中的fix freeze指令能够将被冻结原子的力与力矩都清零,代替在其他模型中所使用的fix setforce指令。为了提高计算效率,可以通过neigh-modify exclude指令忽略冻结原子两两间的计算。 4.7 tip3p water model (应该如何选取模拟所涉及的模型,具体应用?) 在CHARMN中使用的TIP3P water 模型定义了一个3-site的刚性水分子...
neigh_modify exclude group solid solid #按比例删除薄膜原子 region membrane block-0.250.25INFINFINFINFdelete_atoms porosity membrane0.5482793#温度初始化 velocity fluid create1.04928459mom yes rot yes dist gaussian fix mynve all nve compute temperature_fluid fluid temp ...
00.0timestep0.003thermo200thermo_modifytempnewneigh_modifyexcludetype23#裂纹宽度输出variableistepequal...
16、s计算输入文件# run运行计算#时间间隔步Thermo 200#每200步输出热动力学统计量thermo_modify temp new#计算温度通过new指示的方法计算neigh_modify exclude type 2 3#原子2,3之间作用取消(也就是通过不使他们在近邻表中出现实现)Dump 2 mobile custom 500 dump2.crack tag x y z c_new22run5000#进行5000...