该程序是实现cif文件到lammps data 文件的转化脚本,可以自动为有机物分子,有机金属框架等物质生成含有'BTW_FF', 'Dreiding', 'UFF', 'UFF4MOF', 和 'Dubbeldam'力场的data文件.默认力场为 Universal Force Field [UFF]. github.com/peteboyd/lam 1、安装:pip install lammps-interface 2、构建cif文件,可以下...
https://github.com/peteboyd/lammps_interfacegithub.com/peteboyd/lammps_interface 这个工具的目的在于给MOF提供自适配的力场,目前采取的是比较简单的UFF形式,但是看其开发进度应该是后续要支持MOFFF的形式的。无论是否要采用这种UFF形式,这个工具首先可以提供很好地由cif结构向lammps data的转换,而且开源code用pyt...
Heinz团队开发出了一种适合无机体系、金属体系、无机-有机界面模拟的力场——Interface Force Field (IFF),以及一个表面模型数据库,包含可直接用于模拟1到1000纳米大小的纳米的矿物、金属、氧化物和(生物)聚合物的结构。 该力场一些突出的地方是: (1)IFF将之前模型中表面和界面能量的常见误差(最高可达500%)降低到...
1. 检查依赖项:在 Linux 上安装 LAMMPS 需要一些依赖项,例如 GNU Make、MPI(Message Passing Interface)、gcc(GNU Compiler Collection)等。确保这些依赖项已经安装在你的系统上。 2. 下载 LAMMPS:你可以从 LAMMPS 官方网站(https://lammps.sandia.gov/)上下载最新版本的 LAMMPS。下载完成后,解压缩文件。 3. 编...
Setting up LAMMPS calculations on complex models using the flowchart interface is a significant productivity enhancer, and accumulating results in tables with the option to add occasional custom commands is very powerful indeed LAMMPS 是现今先进的基于力场的分子动力学程序之一,由Dr. Steve Plimpton和他的...
lammps_interface枚举原子种类和键的种类 LAMMPS (Large-scale Atomic/Molecular Massively Parallel Simulator)是一种用于原子分子动力学模拟的开源软件程序。该程序具有强大和灵活的功能,可以模拟各种原子和键的种类。在本文中,我们将一步一步地介绍如何使用LAMMPS接口来枚举原子种类和键的种类。 首先,让我们了解一下原子...
https:///nuwan-d/LAMMPS_tutorials_for_short_courses/tree/main/polyurethane_aluminum_interface 1. 本文对案例做一些注解,以供初学者参考。 金属和聚合物界面的研究相对较多,但是对于没有经验的lammps初学者来说,可能还是有些困难。 (1)建模问题 聚合物原子之间有键连接,如果建模方法不当,容易造成bond atom mi...
LAMMPS支持并行计算,可以通过MPI(MessagePassingInterface)来实现。并行计算可以显著提高模拟的效率,尤其是在处理大规模系统时。 4.1使用MPI进行并行计算 以下是一个使用MPI进行并行计算的例子: #编译LAMMPS cdlammps/src makempi #运行并行模拟 mpirun-np4lmp_mpiin.script 在这个例子中,我们首先编译了LAMMPS的MPI版本...
read_data data.interface # --- force fields --- pair_style reaxffNULLsafezone3.0mincap15...
在本文中,我们将介绍如何在Linux系统下安装LAMMPS并行版本。 首先,为了进行LAMMPS并行安装,你需要确保系统中已经安装了MPI(Message Passing Interface)。MPI是一种用于实现并行计算的通信协议, 并行计算 x系统 解压缩 原创 栗子是只喵 11月前 351阅读 LAMMPS在centos安装...