范德华仅有短程相互作用,而静电是既有短程又有长程作用,如果体系中有静电作用,那么定义完pair_style和pair_coeff,还要定义长程静电求解类型kspace_style。用在分子体系的键结相互作用分为键(bond),键角(angle),二面角(dihedral),离平面(improper)。不同的对象会包含不同的键结作用,比如水分子就只包括键和键角,...
improper_style harmonic improper_style cvff improper_style hybrid cvff harmonic 12.special_bonds命令。为直接或通过一个或两个中间键永久键合的原子对之间的成对能量和力贡献设置加权系数。这些加权因子被LAMMPS 中几乎所有计算简单成对交互作用的成对样式所使用。通过在read_data命令读取的数据文件中定义键拓扑来指...
atom_style: 定义模拟体系中的原子属性,这一 命令与力场设置的参数中的原子类型(atom type)不 同。 pair_style: 相互作用力场类型,例如范德化势或者硬球势等。 bond_style: 键合相互作用势类型。 angle_style: 键角作用势类型。 dihedral_style: 二面角作用势类型。 improper_style: 混合作用势类型。 其他还有一...
7)pair_style:定义用于计算原子间作用的势函数。 8)bond_style:定义方法以计算键间作用。 9)angle_style:设置用于计算原子三元组之间的角度相互作用的公式。 10)dihedral_style:设置用于计算原子四联体之间的二面角相互作用的公式。 11)improper_style:设置用于计算原子四联体之间不正确相互作用的公式 12)region:用于...
dimension: 定义了两维或者三维模拟（默认是三维）。boundary: 定义了分子动力学体系使用的边界条件，例如周期性边界条件或者自由边界条件等。atom_style: 定义模拟体系中的原子属性，这一命令与力场设置的参数中的原子类型（atom type）不同。pair_style: 相互作用力场类型，例如范德化势或者硬球势等。
如果力场参数出现在将要读取的文件中,则这些命令会告诉LAMMPS使用哪种力场:pair_style,bond_style,angle_style,dihedral_style,improper_style。 1.2 原子定义命令 在LAMMPS中定义原子的方式有3种。通过read_data或read_restart命令从数据中读取它们或重新启动文件。这些文件可以包含分子拓扑信息。或使用以下命令在没有分...
(atom style命令) 原子 粗粒化粒子 全原子聚合物,有机分子,蛋白质,DNA 联合原子聚合物或有机分子 金属 粒子材料 粗粒化介观模型 延伸球形与椭圆形粒子 点偶极粒子 刚性粒子 所有上面的杂化类型 力场: (命令:pair style, bond style, angle style, dihedral style, improper style, kspace style) 对相互作用势...
力场的设置分两步,首先设置力场类型,如pair_style、bond_style、angle_style、dihedral_style、improper_style。 之后,设置与之相对于的参数,分别使用pair_coeff、bond_coeff、angle_coeff、dihedral_coeff、improper_coeff。 (4)能量最小化 在正式模拟之前,一般都需要进行能量最小化,消除模型不合理的结构。
如果力场参数出现在将要读取的文件中,则这些命令会告诉LAMMPS使用哪种力场: pair_style , bond_style , angle_style , dihedral_style , improper_style 。 在LAMMPS中定义原子的方式有3种。通过 read_data 或 read_restart 命令从数据中读取它们或重新启动文件。这些文件可以包含分子拓扑信息。或使用以下命令在没...
3 力场（命令：pair style, bond style, angle style, dihedral style, improper style, kspace style）对相互作用势： Lennard-Jones, Buckingham, Morse, Born-Mayer-Huggins, Yukawa, soft, class 2 (COMPASS), 氢键, tabulated（表格）带电对相互作用势：Coulombic, point-dipole.多体作用势：EAM, Finnis/...