groupmobilesubtractallboundary Cu拉伸建模全部代码如下: #模型基本设置unitsmetaldimension3boundarypspneighbor0.3binneigh_modifydelay0timestep0.001#设置晶格参数,生成boxlatticefcc3.61regionboxblock0200505create_box3boxcreate_atoms1box#设置Cu原子质量mass164mass264mass364#设置left和right区域,以此region设置groupregionl...
lammps提供compute group/group命令可完成此功能。 compute group/group命令既可以计算原子组之间的作用能,也可以计算两个组之间的作用力。 如: compute1lowergroup/groupupper lower和upper为两个原子组的id(group-id)。 以上命令共有4个计算结果,其中标量c_1为量原子组之间的作用能,矢量c_1[1]、c_1[2]、c_...
xcm()返回原子组group_ID重心的某一方向坐标,如需返回xyz三个方向,则调用3次即可。 2.fcm()计算原子组受力 AI检测代码解析 fcm(group_ID,x|y|z) #返回tool原子组在y方向受力,存入fyy中 variable fyy equal fcm(tool,y) 1. 2. 3. 4. fcm()返回原子组group_ID在某一...
从命令关键字上也能猜出来,group就是对原子进行分组的意思。 被group后的原子会被分配一个group-ID,这个group-ID被用到fix、compute、dump等命令中。 例如fix命令中的第二个参数就是group-ID: AI检测代码解析 fix ID group-ID style_name keyword value ... fix 1 water npt temp 300.0 300.0 100.0 iso 0....
group/group计算材料的相互作用能,由以下命令计算输出: compute ID group1-ID group/group group2-ID keyword value ... thermo_style style args thermo Nsteps 其中,关键词 pair value = yes (or no);kspace value = no(or yes);boundary value = yes(or no),通常按默认的来即可。thermo_style按照自己...
lammps中使用compute group/group 单独计算两组原子的能量,单独计算两组原子的作用力,同时计算两组原子的能量和作用力时,命令分别应该怎么写?manual中有这样一段话,看了不太理解:This compute calculates a global scalar (the energy) and a global vector of length 3 (force), which can be accessed by indices...
2. 使用Lammps自带命令。如lattice、 region、group、create_atoms、delete_atoms等命令,通过巧妙的组合这些命令,能实现外部建模不方便或不能实现的操作。 通过上述两种方法的有机组合,可以实现非常多有趣或复杂的模型的构建。今天将主要介绍几个巧妙应用自带命令组合建模的案例。
看看dynamic group吧 lammps默认的所有group都是静态的（除了all）
Group::Group(LAMMPS *lmp) : Pointers(lmp) { MPI_Comm_rank(world,&me);names = new char*[MAX_GROUP]; bitmask = new int[MAX_GROUP]; inversemask = new int[MAX_GROUP]; dynamic = new int[MAX_GROUP];for (int i = 0; i < MAX_GROUP; i++) names[i] = NULL;...
每隔1000步输出在dump文件中,总共运行5000步也就是说共保存了5次。我们可以看到在初始(0)时,模型是我们所需要的,但在此之后金刚石球部分的原子散开。 初始(0) 1 2 0-5全过程 造成这个现象的原因是金刚石球有了初始速度,可以回看in文件区域划分以及温度(速度)初始化的group。