使用fix aveforce命令对每个原子在x方向施加一个力,使其沿x方向移动。 variableFequal0.01fixmyaf1piston_leftaveforce${F}NULLNULLfixmyaf2piston_rightaveforce-${F}NULLNULL (2)统计过滤后原子数量变化 在模拟过程中动态统计区域内原子数量,可使用count()命令。 count()命令有两种用法: count(group)统计原子组内...
例如，边界条件为固定f条件，由于建模原因，模型的初始内应力又比较大，正常弛豫下，盒子应该会扩大以释放...
用fix deform命令进行拉伸,并不需要固定石墨烯的两端,为了和velocity进行对比,本例同样对石墨烯两端原子进行了设置。 #---2 建模--- region box block 0 50 0 50 -5 5 units box create_box 3 box lattice custom 2.4768 a1 1.0 0.0 0.0 a2 0.0 1.732 0.0 a3 0.0 0.0 1.3727 & basis 0.0 0.33333 0.0...
用fix deform命令进行拉伸,并不需要固定石墨烯的两端,为了和velocity进行对比,本例同样对石墨烯两端原子进行了设置。 #---2建模--- regionboxblock050050-55unitsbox create_box3box latticecustom2.4768a11.00.00.0a20.01.7320.0a30.00.01.3727& basis0.00.333330.0& basis0.00.666670.0& basis0.50.166670.0& basis0.50...
在LAMMPS中,可以通过设置边界原子的质量为无穷大来实现固定边界条件,这样原子在接近真空层时会受到强力的束缚,不会进入真空层。 三、总结 本文介绍了LAMMPS中真空层的概念及设置方法,包括如何动态改变盒子尺寸、设置边界条件等。在进行分子动力学模拟时,合理设置真空层可以更好地模拟实验过程,提高模拟结果的...
NPT(isothermal-isobaric ensemble)方法是一种通过控制体系的温度和压力来模拟恒定温度和压力的方法。在LAMMPS中,可以通过以下命令启用“KSPACE”软件包:`make yes-kim`。然后,在输入脚本中使用如下命令来实现NPT控制:`fix npt all npt temp T_start T_end T_damp iso P_start P_end P...
Dimension N (N=2,3) Boundary: Boundary 命令是用来设定模拟的边界条件。 Boundary x y z (x,y,z=p,s,f,m 四种类型中的一种或者两种) P 是周期性边界条件 S 是自由边界条件(但是具有收缩性) F 是固定边界条件 M 是具有最小值的自由边界条件(但是具有收缩性) ...
all indent 100 sphere 18.075 18.075 v_z 5 units boxvariable f equal f_2[3]*1.602*1.0e-9#定义变量为压头在z方向上收到的力,f_2[3]即为压头在z方向收到的力,f_2[3]*1.602*1.0e-9则是根据units命令做单位换算,换成Nfix 3 all print 100 "${z2} ${f}" file dat screen no#定义输出模拟...
2、安装lammps并行版到目录,一路确定,可自行设置安装目录。 F:\softwareTOOL\LAMMPS\LAMMPS 64-bit 27Oct2021-MPI 3、查看设置环境变量(一般已经自动生成) 4、测试reaxff\RDX例子(反应力场例子): win+r调出运行窗口 输入cmd 更换到例子所在目录 cd /d F:\softwareTOOL\LAMMPS\LAMMPS 64-bit 27Oct2021-MPI\Ex...
2. ERROR on proc 0: Not a valid floating point number: 'H' (../reaxff ffield.cpp:584) 这个问题很棘手,一种可能是该势函数并行功能不够智能,需要手动分配节点,解决方法是使用processors命令: processors 1 1 5 # 指定在xyz三个方向上应用的处理器个数 1*1*5 ...