与基于 GNU make 和通过 Makefile 的传统构建系统相比，CMake 是 LAMMPS 官方推荐的首选编译方式。为了防止有些电脑中没有自带的 CMake，我们首先需要安装 CMake。2.1编译 CMake 先下载本文后面的 CMake 源码，然后解压：tar -xzvf cmake-4.0.0-rc4.tar.gz 然后进入解压后的目录，执行配置脚本：cd cmake-...
-D PKG_SPH=yes\ -D PKG_EXTRA-FIX=yes\ ../cmake\ cmake --build . 执行成功后就可以在当前目录下得到带有额外功能的可执行文件 lmp。 3 、在 Windows 系统中使用 LAMMPS LAMMPS 的开发和测试主要在 Linux 机器上进行,当今绝大多数 HPC 集群和超级计算机也运行在 Linux 上。但是如果想通过 Windows 系统...
pair_coeff1*2 1*2 none fix print 每隔一段时间打印一次你要监测的变量(标量)的信息。这个命令跟thermo的作用差不多,但是可以更自由地进行字符串的编辑(可以使用$()这样的immediate variable),并且可以输出到指定文件。例如每100步打印变量a、b、c的值,以覆盖模式写到coord.txt。 fix extra all print 100 & ...
“keyword = add or offset or shift orextra/atom/typesorextra/bond/typesor extra/angle/types orextra/dihedral/typesorextra/improper/typesor extra/bond/per/atom or extra/angle/per/atom or extra/dihedral/per/atom or extra/improper/per/atom or extra/special/per/atom orgroupornocoefforfix” 对...
Public development project of the LAMMPS MD software package - lammps/src/EXTRA-FIX/fix_nonaffine_displacement.cpp at 56a9192cf3245912891caf0c4d96762674867b24 · lammps/lammps
回到src目录下make yes-gpu yes-kspace yes-extra-fix yes-user-deepmd lammps-xxx/src/MAKE/Makefile.mpi 可根据实际情况修改,不做过多介绍 make -j 4 mpi 正常编译结束后就安装完成了。 问题1:我编译出来的Lammps运行速度不理想,GPU占用率也很低,经常显卡内存溢出。
There might be the same issue for kim_init.cpp, fix_store_kim.cpp, pair.kim.h etc August 23, 2021 voro++.hh: No such file or directory during compilation of lammps with voronoi If you encounter an error such as the one below during compilation for lammps such as written inCompiling ...
最后是效果对比，数据来自我的电解质溶液盒子，体系特殊，仅供参考。单位timesteps/s，均匀体系+fix ...
fix命令是lammps中很重要的一个命令, 它包括很多子命令, 对体系施加一系列的约束条件,选择系综等等. 设定 lammps进行 6、各种计算: compute, variable. 输出选项由thermo, dump, restart命令设置. (4)Run a simulation 使用run命令开始一个分子动力学模拟; 用minimize命令来实施能量最小化(molecular statics)units...
fix命令是lammps中很重要的一个命令, 它包括很多子命令, 对体系施加一系列的约束条件,选择系综等等. 设定 lammps进行 6、各种计算: compute, variable. 输出选项由thermo, dump, restart命令设置. (4)Run a simulation 使用run命令开始一个分子动力学模拟; 用minimize命令来实施能量最小化(molecular statics)units...