1.将material studio(以下简称MS)软件建好的模型输出为cif文件 2.将输出的cif文件用可视化软件ovito打开 3.将打开的文件输出为“LAMMPS Data File”文件,即所需data文件。编辑于 2021-12-04 17:17 分子动力学模拟 赞同1210 条评论 分享喜欢收藏申请转载 ...
我刚刚下到了蒙脱石的cif文件，但是里面没有相关的键角信息，如何得到？小木虫上有说用在MS里添加CLAYFF...
采用其他开源程序比如atomsk(缺点:还是代码建模) 使用Materials Studio建模并通过内置forcite模块添加力场,导出.car和.mdf文件,使用LAMMPS自带的msi2lmp直接转换为data文件(缺点:需要在MS中直接定义势函数) 使用Materials Studio直接导出.cif或者.msi等较易处理的文件格式,阅读LAMMPS-Manual,自己编写Python/Matlab脚本将文件...
但我看之前有教程还用到vesta打开MS导出的cif文件，再保存为xyz文件，再用vmd打开xyz文件，设置盒子，...
使用VESTA打开第二步导出的cif格式的文件,选择菜单【File】–【ExportData】,弹出的对话框中选择vasp格式,导出。如下图所示。 VESTA程序介绍:\h结构模型可视化软件VESTA 转换为lammps格式 将第三步中vasp格式的文件转移到linux操作系统中,使用poscar2lammps脚本将其转换成lammps格式。 poscar2lammps脚本下载:\hvaspposcar...
h h h 一 h 1 h 2 h h 二 h 1 h 2 h h 四一 h h h VMD:amolecularvisualizationprogramfordisplaying,animating,andanalyzing large
./cif2cell /path/to/file.cif --no-reduce -p lammps -o cif_file.data CIF2CELL A tool to generate the geometrical setup for various electronic structure codes from a CIF (Crystallographic Information Framework) file. The code will generate the crystal structure for the primitive cell or the...
./cif2cell /path/to/file.cif --no-reduce -p lammps -o cif_file.data CIF2CELL A tool to generate the geometrical setup for various electronic structure codes from a CIF (Crystallographic Information Framework) file. The code will generate the crystal structure for the primitive cell or the...
topotools是一个分子生成器，它利用vmd和tcl的强大功能创建lammps data文件并将它们转换为其他格式或从...
我刚刚下到了蒙脱石的cif文件，但是里面没有相关的键角信息，如何得到？小木虫上有说用在MS里添加CLAYFF...