LAMMPS中对PKA速度的设置为: velocity PKA set x y z 下面笔者就简单总结一下在metal单位系统下,动能为1 eV的粒子,质量为1 gram/mol,沿某一方向[hkl]的速度,也就是以上命令中x, y, z的求法。 例如,一个质量为183.84 gram/mol的W原子作为PKA,其初始动能为200 eV沿[100]方向。则在LAMMPS模拟时,其x, ...
在velocity命令中,可以通过args部分来指定速度分配的参数。具体的参数包括: 1. region:指定粒子的运动区域。可以通过指定一个区域来限制粒子速度的范围。 2. units:指定速度的单位。可以选择不同的速度单位,如埃/飞秒、纳米/皮秒等。 3. distribution:指定随机速度的分布类型。可以选择均匀分布、高斯分布等不同的速度...
在LAMMPS中,阻尼系数是一个重要的参数,用于控制粒子的运动速度和温度。 阻尼系数是LAMMPS中用于模拟系统与热浴之间能量交换的参数之一。它通常使用能量平衡方程来计算,其中包括MD模拟的时间步长、原子的质量、热浴的温度和阻尼系数。在LAMMPS中,阻尼系数的单位通常是时间的倒数(ps-1),这代表了阻尼系数对于原子运动速度...
由于分子是rigid的,分子上的原子相对静止,导致插入的分子比较“冷”。此外,插入的分子的相互作用势能可能会导致分子动能迅速上升或者下降。此时需要使用tfac_insert关键词改变这些插入的粒子的“温度”,抵消上述影响。这个“温度”用一个常数因子来调整粒子速度。最好能够使用一些实验来确定tfac_insert的值,使插入的粒子...
上句代码中 NULL NULL 2 表示不设置x和y方向的速度,仅设置z方向速度,sum yes的意思是将速度2加到原子当前时刻速度分量上,如果不写sum yes,则表示忽略原来的速度,直接将z方向速度直接设为2。 默认的单位为晶格单位(lattice),units box关键字可将单位设置为实际速度单位,具体单位与体系units有关。
控温器仅仅应用在拥有平移自由度的粒子。平移自由度可以在进行控温前移除偏速度(bias velocity),参见下面进行的讨论。期望的温度在运行的每一个时间步都随着Tstart到Tstop不断上升。Tdamp参数的单位是时间单位,用来决定温度的释放速度的快慢。举例来说,Tdamp的数值如果设定为10.0,这意味着释放温度在大概10个时间步的范...
在分子动力学模拟中，我们把每个原子当作刚性粒子，并通过经典作用势函数来描述原子间的相互作用。通过选取一个足够小的时间步长Δt来对连续运动方程进行离散化，从而可以跟踪系统中每个原子的位置和速度随时间变化的轨迹。在实际模拟中，一个系统可能包含几千到几十万个原子，同时可能需要模拟几十万步或者更多，所以...
第一步，设置研究对象组成原子或者粒子（下面统一称为粒子）初始位置和速度；第二步，基于粒子的位置计算...
当三维矢量以变量表示时,变量可以写作equal类型的数学函数。此时,粒子移动位移就可以根据位置、速度或模拟步等物理量变化。 类型ramp用于粒子的等比例斜坡移动,例如举例中,第二条命令的含义为:将flow组中的离子沿x方向移动0~5个单位,具体移动的距离取决于粒子在y方向上的位置,即位于y=2的粒子朝x方向移动0,位于y=...