在运行模拟时,遇到了“domain too large for neighbor bins”错误。我们可以尝试以下解决策略: 调整模拟体系尺寸:将模拟盒子尺寸减小为50x50x50 nm³,以减少所需的bins数量。 优化neighbor bins设置:将neighbor命令中的skin参数从0.3增加到0.5,扩大bins的搜索范围。 增加内存和计算资源:如果减小尺寸和优化设置后仍然无...
所以,出现“Neighbor list overflow”的提示时,首先判断势参数是否准确,特别是弛豫阶段就出现这个错误提示,基本可以认为是势参数不准造成的,需要更换势参数。 如果弛豫阶段正常,并且模拟过程中存在压力过大等因素,可以排除势参数原因,可以试试减小压缩程度,或者使用neigh_modify one命令增大邻居原子数。 同一个错误在不...
第四条命令是设置建立邻居列表的,即neighbor命令。根据分子动力学原理我们需要计算每个原子的受力。而任何一个粒子的受力都来自于其周围粒子给它的合力。但是,我们知道只有距离较近的粒子才会对该粒子产生受力,距离较远的粒子给与的力可以忽略不计。这就是邻居的含义。所以要计算一个粒子所受的合力,首先要找到该粒子...
(1)模拟环境参数设置 这一部分主要设置一些模拟参数,比如模拟体系的单位(units)、边界条件(boundary)、原子类型(atom_style)、邻居列表的定义(neighbor)、时间步长(timestep)等。 (2)体系模型的建立 这一部分的功能就是建立体系的原子模型,通常有两种方式。 第一种方式是使用lammps自带的建模命令建模,比如使用region...
Create-atoms 用于在所创建的模拟的盒子中填充某种原子。 Create_atoms type style args keyword values ... 设定: 力场系数 Pair-coeff: 模拟参数 Neighbor Neighbor 是定义 Neighbor skin style Skin 为 Style 可取 bin、nsq、multi Neighbor-modify: Group: Timestep: ...
LAMMPS中的pair_style,pair_coeff和pair_modify三个命令设置了势函数的类型和参数。neighbor, neigh_modify, comm_style和comm_modify四个命令设置了邻域列表建立和计算单元通讯,会显著影响势函数计算的效率。通常,分子动力学模拟中最耗时的步骤并不是力-加速度-速度-位移的积分运算,而是势函数的计算。因此,本文将详细...
这是我的in文件,我想请教一下,这个neighbor该怎么改!还是有其他的问题?谢谢各位了! boundary p p p #边界周期性设定,周期性、周期性、周期性 units real #模型单元模式设定为real dimension 3 #几何维度设定为3D atom_style full #原子模式设定为full neighbor 2.0 bin #设定neighbor截断半径-力场截断半径(类似...
这是所有分子动力学模拟中所必需的,用于计算分子间相互作用力时使用。这样不但有利于大规模多核的划分计算区域,同时保证计算总量随模拟规模呈近似线性变化。
①一般在计算中选取atom,atom也是默认参数 ②body指具有质量、惯性、动量、角动量等的一般体 4.neighbor 语法:neighbor skin style 参数: skin 力切断前的额外距离(距离单元) style bin/nsq/multi neighbor list的生成参数 P.S. ①作用力作用范围=原子间距+原子间距外的影响距离(即skin) ...
这是所有分子动力学模拟中所必需的,用于计算分子间相互作用力时使用。这样不但有利于大规模多核的划分...