库赛湖为咸水湖,海拔4479米,内流,湖湾的子湖有季节性石盐,是保护区第六大湖,与海丁诺尔、盐湖等共同组成可可西里东北部重要的盐渍化湿地区域。库赛湖常年接受大气降水和地表河水补给,主要常年性河流有发源。于昆仑山南坡五雪峰(5577m)和大雪峰(5863m)的库赛河(库赛郭勒),河流长120m,从湖泊西南角注入库赛湖中。