kraken2可以自己构建数据库也可以下载构建好的数据库。 下载官方构建好的数据库(ftp://ftp.ccb.jhu.edu/pub/data/kraken2_dbs/),或者第三方构建好的数据库( https://github.com/rrwick/Metagenomics-Index-Correction) MiniKraken2_v1_8GB:(5.5GB)8GB Kraken 2 Database built from the refseq bacteria, arc...
UniVec_Core:载体核心库2M,用于去除污染序列, A subset of UniVec chosen to minimize false positive hits to the vector database 标准模式下只下载5种数据库:古菌archaea、细菌bacteria、人类human、载体UniVec_Core、病毒viral 我们可以手动下载指定数据库kraken...
～/software/Bracken/bracken-build -d ~/dbminikraken2_v1_8GB -t 8 -k 35 -l 150 #结束后会在kraken数据库路径下⽣成database150mers.kmer_distrib Bracken参数解释：-d，Kraken数据库路径；-t，线程数；-k，k-mer长度，Kraken1默认为31，Kraken2默认为32；-l，reads读长。数据库下载（第⼆种）
measured its performance on all input sequences from a shotgun metagenomics experiment, using a database containing all complete bacteria and archaeal genomes from RefSeq, while for QIIME 1, they analyzed its performance only on 16S rRNA sequences against the 16S Greengenes database. Because QIIME...
kraken2-build --no-masking --download-library bacteria --db ${db_dir} kraken2-build --build --threads 8 --db ${db_dir} 除NCBI 分类数据库,也可以创建别的,比如 silva 16S 数据库,使用--special参数设置对应的 "TYPE". 比如 "silva/greengenes/rdp",这些数据库是 kraken2 下载对应数据库,并处...
kraken2-build --download-library <library_name> --db <database_path> 其中,<library_name>是要下载的数据库名称,如“bacteria”、“archaea”、“human”等。<database_path>是您想要保存数据库的路径。Kraken2将在该路径下创建一个名为<database>的数据库文件夹,并将下载的文件保存在其中。 在下载页面...
下载官方构建好的数据库(ftp://ftp.ccb.jhu.edu/pub/data/kraken2_dbs/),或者第三方构建好的数据库( https://github.com/rrwick/Metagenomics-Index-Correction) MiniKraken2_v1_8GB:(5.5GB)8GB Kraken 2 Database built from the refseq bacteria, archaea, and viral libraries. ...
kraken-build --download-library bacteria --db $DBNAME kraken-build --add-to-library chr1.fa --db $DBNAME Step1:Create k-mer set: Jellyfish -> database.jdb 步骤2就是利用Jellyfish软件切割k-mer,生成database.jdb文件, 文件内容是 “k-mer: count”。
hits to the vector database #常用污染序列核心库 标准模式下建的数据库只包括archaea、bacteria、human、plasmid、UniVec_Core、viral。 可以给一个db库下载多个数据 kraken2-build --download-library archaea --db $DBNAME kraken2-build --download-library viral --db $DBNAME ...
(TYPE = one of "archaea", "bacteria", "plasmid", "viral", "human", "fungi", "plant", "protozoa", "nr", "nt", "env_nr", "env_nt", "UniVec", "UniVec_Core") --special TYPE 特殊数据库,包括3种Download and build a special database ...