1.输入数据:Kraken2接受FASTQ格式的输入数据,这是一种常用于高通量测序数据的格式。 2.数据库路径:在使用Kraken2之前,需要指定数据库的路径。Kraken2提供了预构建的数据库,可以直接下载使用,也可以根据自己的需求构建自定义数据库。 3.运行命令:使用以下命令运行Kraken2分析: Php: kraken2 -db <数据库路径> --...
6、命令分析 kraken2 --db ~/database/minikraken2/minikraken_8GB_20200312 --threads 20 --report ./test.report --output ./test.output --paired ../SRR13188906_1.fastq ../SRR13188906_2.fastq 这是一个Kraken2的命令,用于对一组宏基因组测序数据进行物种注释。具体来说,该命令使用了一个名为"mini...
简单来说,通过kraken2下载和构建数据库总共就以下三步,常规做法参考官方Manual: github.com/DerrickWood/ # 下载taxonomy文件 kraken2-build --download-taxonomy --db $DBNAME # 下载所需物种的参考基因组 kraken2-build --download-library bacteria --db $DBNAME # 构建数据库 kraken2-build --build --db ...
Hi, i am using kraken from a supercomputer using linux. When i try to download de database i get this error kraken2-build --standard --db kraken Downloading nucleotide gb accession to taxon map...rsync: [Receiver] failed to c onnect to f...
kraken2-build --download-taxonomy --threads 24 --db $DBNAME for line in `ls /media/bio1/build_database/db/library/db` do ##这一步是将序列加入到要构建的数据库中,进行预处理 kraken2-build --add-to-library /media/bio1/build_database/db/library/db/$line --db $DBNAME ...
kraken2 \--threads4\--quick \# 快速模式--paired \# 输入数据为双端模式--db path/to/db \# 数据库路径--report A1.kreport \# 输出,report文件--output A1.kraken \# 输出,reads注释结果path/to/A1_1.fq.gz \# 输入,fq1path/toA1_2.fq.gz# 输入,fq2 ...
kraken2-build --download-taxonomy --db${GTDBTK_DB_PATH}# ${GTDBTK_DB_PATH}是安装好GTDB-Tk后的环境变量,指向它要使用的数据库 下载Genomic library: kraken2-build--download-librarybacteria--threads12--db${GTDBTK_DB_PATH} 这一步可能会报错: ...
KRAKEN2_DB_PATH:设置默认数据库位置如:export KRAKEN2_DB_PATH="/home/user/my_kraken2_dbs:/data/kraken2_dbs:"就可以直接调用相应路径下的数据库,kraken2 --db mainDB sequences.fa 参考资料: 1.https://github.com/DerrickWood/kraken2/wiki/Manual ...
KRAKEN2_DB_PATH:设置默认数据库位置如:export KRAKEN2_DB_PATH="/home/user/my_kraken2_dbs:/data/kraken2_dbs:"就可以直接调用相应路径下的数据库,kraken2 --db mainDB sequences.fa 参考资料: 1.https://github.com/DerrickWood/kraken2/wiki/Manual ...
kraken2 \--threads4\--quick \# 快速模式--paired \# 输入数据为双端模式--db path/to/db \# 数据库路径--report A1.kreport \# 输出,report文件--output A1.kraken \# 输出,reads注释结果path/to/A1_1.fq.gz \# 输入,fq1path/toA1_2.fq.gz# 输入,fq2 ...