Kraken2适用于大规模宏基因组分析,其性能受到参考数据库选择和置信度参数设定的直接影响。2024年7月,《 aBIOTECH》发表研究论文,系统评估了不同参考数据库和置信度参数对Kraken2分类性能的影响。 综合参考数据…
Kraken2适用于大规模宏基因组分析,其性能受到参考数据库选择和置信度参数设定的直接影响。2024年7月,《aBIOTECH》发表研究论文,系统评估了不同参考数据库和置信度参数对Kraken2分类性能的影响。 综合参考数据库与中等CS(0.2 或 0.4)相结合可显著提高分类准确性和灵敏度。 由于此项研究基于模拟数据集,需要使用样本量更...
简单来说,通过kraken2下载和构建数据库总共就以下三步,常规做法参考官方Manual: github.com/DerrickWood/ # 下载taxonomy文件 kraken2-build --download-taxonomy --db $DBNAME # 下载所需物种的参考基因组 kraken2-build --download-library bacteria --db $DBNAME # 构建数据库 kraken2-build --build --db ...
kraken2-build--standard--threads4--db path/to/standardDB--standard是构建标准数据库的命令--db是数据库存放的路径--threads 是线程数 方法3:手动构建数据库可以从NCBI上下载序列进行建库,这个方法是最麻烦的,但是可以个性化进行建库,这个小果就不推荐大家使用啦。 ## step1 从NCBI下载分类文件kraken2-build \...
kraken2-build --download-taxonomy --db${GTDBTK_DB_PATH}# ${GTDBTK_DB_PATH}是安装好GTDB-Tk后的环境变量,指向它要使用的数据库 下载Genomic library: kraken2-build--download-librarybacteria--threads12--db${GTDBTK_DB_PATH} 这一步可能会报错: ...
使用kraken2下载并构建微生物基因组数据库主要涉及以下三步：首先，需要对kraken2的rsync_from_ncbi.pl脚本进行调整。常规操作指南可以在官方手册中找到。然而，常规做法往往不可行，可能需要对步骤进行修改。第二步，kraken2可以采用两种方式从RefSeq下载微生物基因组，即rsync和ftp。若选择ftp下载，需额外...
Kraken2是一种用于元基因组序列分类的计算机程序，它使用k-mer比对方法将输入的序列与一个预构建的参考数据库进行比对来实现分类。以下是Kraken2的工作原理的简要说明：1.数据库构建：Kraken2的第一步是构建一个参考数据库，该数据库由已知的、完全分类的参考序列组成，它可以是细菌、真菌、病毒等多种生物组成的数据...
KRAKEN2_DB_PATH:设置默认数据库位置如:export KRAKEN2_DB_PATH="/home/user/my_kraken2_dbs:/data/kraken2_dbs:"就可以直接调用相应路径下的数据库,kraken2 --db mainDB sequences.fa 参考资料: 1.https://github.com/DerrickWood/kraken2/wiki/Manual ...
Kraken2是一种广泛应用于宏基因组学领域的物种注释工具,它的主要作用是将宏基因组测序数据中的DNA序列比对到一个预定义的参考数据库中,以确定这些序列来源于哪些物种。具体来说,Kraken2物种注释的过程包括以下几个步骤: 建立参考数据库:Kraken2使用NCBI的分类体系构建了一个参考数据库,其中包括各种生物的完整基因组序...
Kraken2数据库 Kraken2数据库至少包括3个文件 hash.k2d: 物种地图,即所有序列与物种的数据库 opts.k2d: 数据库构建的信息 taxo.k2d: 数据库的分类学信息 以上文件为快速读取,全为二进制文件。如果仅使用kraken2,除以上三个文件外,其它的文件在空间有限下可以删除。如果要使用bracken时,仍需保留其他文件,用于构...