首先，需要对kraken2的rsync_from_ncbi.pl脚本进行调整。常规操作指南可以在官方手册中找到。然而，常规做法往往不可行，可能需要对步骤进行修改。第二步，kraken2可以采用两种方式从RefSeq下载微生物基因组，即rsync和ftp。若选择ftp下载，需额外添加--use-ftp参数。默认情况下，kraken2使用rsync下载，但可能...
1 首先利用kraken2自身下载数据库的功能,下载taxonomy分类库 kraken2-build --download-taxonomy --threads 24 --db $DBNAME 2 添加nt.animal.fa kraken2-build --add-to-library nt.animal.fa --db $DBNAME 这一步就会报错,因为nt.animal.fa库里有一些奇奇怪怪的accession,例如4W1Z_7 其实这些accession也没...
kraken2 主要有两个命令一个是kraken2-build,kraken2。 进行筛选则需要现建立库,那我们先看kraken2-build Usage:kraken2-build[task option][options]Taskoptions(exactly one must be selected):--download-taxonomyDownloadNCBItaxonomic information--download-libraryTYPEDownloadpartial library(TYPE=one of"archaea",...
简单来说,通过kraken2下载和构建数据库总共就以下三步,常规做法参考官方Manual: github.com/DerrickWood/ # 下载taxonomy文件 kraken2-build --download-taxonomy --db $DBNAME # 下载所需物种的参考基因组 kraken2-build --download-library bacteria --db $DBNAME # 构建数据库 kraken2-build --build --db ...
近日,中国农业科学院饲料研究所屠焰/马涛团队在aBIOTECH发表了题为“Impact of database choice and confidence score on the performance of taxonomic classification using Kraken2 ”的研究论文,揭示了参考数据库和置信度选择对Kraken2物种分类性能的影响。